服务器非root权限安装R
Linux系统通常会自带Perl和python，但是一般情况下不会自带R语言。虽然绝大多数时候R语言都是安装在本地PC端进行数据分析。但是在服务器上安装R语言可以有事半功倍的效果。目前很多教程甚至是培训机构都在教如何用root权限在Linux上安装R，事实上绝大多数学生都不会有root权限。
下载地址及安装方法
在百度或者Bing搜索R for Linux
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.5.3.tar.gz
tar -xvf R-3.5.3.tar.gz
cd R-3.5.3/
./configure prefix=/home/xiongdy/software/R/R-3.5.3
make
make install
echo 'PATH=$PATH:~/software/R/R-3.5.3/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
编译时间较长，耐心等待即可。
安装常用R语言包
如果不选择R包安装源的话会默认使用国外的官方源，使用官方源的缺点是下载速度非常慢。所以编译安装好R在下载软件包前先修改源，然后再下载
R#从终端启动R
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
if (!requireNamespace("BiocManager"))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("DESeq2","limma","GenomicFeatures","NOISeq"))#安装bioconductor包
install.packages(c("ggplot2","WGCNA"))#从R源安装包
q()#退出R
如果出现以下界面则是在正常下载。
效果
下图则是在服务器上配合其他NGS软件利用R语言做出的冗余序列分布图
