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Makefile规则文档高效率实现集群数据分析

Makefile规则文档高效率实现集群数据分析 Dr.X的基因空间
2024-01-12
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导读:合理使用Makefile规则可以将数据分析速度提高100倍

Makefile规则文档编写总结

写在前面的
最近使用Makefile在高性能计算集群上分析了一批次数据,开始逐渐熟悉makefile规则文档的编写及使用。总体上,我对利用Makefile管理数据分析任务具有非常好的印象,因为我手里有300个高通量原始测序数据,在使用计算集群不到5%的计算资源下,利用Makefile合理管理任务可以满足一次性同时分析100个任务,这使得原本需要经过循环批量完成的300个单位时间的数据分析时长缩短至原来的1%,我只需要3个单位时间就能完成原来300个单位时间的数据分析。因此充分理解Makefile的功能非常重要。

Makefile及其功能总结

Makefile是一种用于编译和管理软件项目的自动化脚本。它可以帮助开发者自动执行重复的编译、测试和安装任务,从而提高工作效率。Makefile的主要功能如下:

  1. 定义变量:Makefile可以使用变量来存储一些配置信息,例如源代码文件、编译器、链接器等。

  2. 定义规则:Makefile中的规则用于指定如何编译和链接源代码文件。例如,可以使用objects: src/main.c来定义一个规则,用于编译src/main.c文件并将其输出到objects目录下。

  3. 依赖关系:Makefile可以使用依赖关系来确保源代码文件在编译之前被正确编译。例如,可以使用objects/main.o: src/main.c来定义一个依赖关系,确保在编译objects/main.o之前先编译src/main.c

  4. 目标文件:Makefile中的目标文件是编译完成后要生成的文件。例如,可以使用all: objects/main.o来定义一个目标文件,表示编译所有源代码文件并生成objects/main.o

  5. 命令:Makefile中的命令用于执行具体的编译、测试和安装任务。例如,可以使用objects/main.o:来定义一个命令,表示如何编译src/main.c文件并生成objects/main.o

  6. 递归规则:Makefile中的递归规则可以实现递归编译,即当一个源代码文件被修改时,可以自动重新编译所有依赖它的目标文件。例如,可以使用src/%.c: objects/%.o来定义一个递归规则,表示当src/main.c被修改时,会自动重新编译objects/main.o

  7. 清理命令:Makefile中的清理命令用于在编译过程中删除中间产物,例如编译缓存文件、可执行文件等。例如,可以使用clean:来定义一个清理命令,表示在执行编译任务后删除所有中间产物。

  8. phony规则:Makefile中的phony规则用于定义不实际存在的目标文件,但是该目标文件必须被认为存在,以保证依赖关系正确。例如,可以使用.PHONY: all来定义一个phony规则,表示all是一个虚拟目标,表示编译所有源代码文件。

Makefile语法中转义符的合理使用

在Makefile中使用echo命令时,可以使用转义符来表示特殊字符。转义符通常在字符串的开头添加,以便将其解释为普通字符。以下是一些常用的转义符:

\: 转义符本身。
$: 表示Makefile中的变量。
\n: 换行符。
\t: 制表符。
\r: 回车符。
\": 双引号。

例如,以下命令会在控制台输出一个包含换行符的字符串:

echo "\nHello, world!\n"

此外,Makefile中的特殊变量也可以在echo命令中使用,例如:

VARIABLE := "Hello, world!"
echo $VARIABLE

这将输出Hello, world!

需要注意的是,转义符应该使用双反斜杠\\来表示,而不是单反斜杠\。这是因为Makefile中的反斜杠\本身也是一个转义符,需要被解释为普通字符。因此,如果需要输出一个反斜杠字符,应该使用两个反斜杠\\

写在后面的
Makefile的语法比较简洁,但是要熟练掌握其使用方法需要一定的经验。


【声明】内容源于网络
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