发表期刊：Nature Communications
影响因子：17.694
测序方式：宏基因组
研究对象：猪粪便+肠道内容物
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研究背景
家养猪为人类提供了大部分的肉类，也可作为生物医学研究的动物模型。猪的胃肠道中有数万亿种细菌，它们在宿主的代谢、免疫甚至行为中起着至关重要的作用。大量研究报道了早期断奶仔猪的肠道微生物群与猪饲料转化效率、生长能力和腹泻之间的联系。这些研究大多依赖于微生物现有的注释信息，这些注释信息通常与部分基因组序列有关，而在目前的数据库中，仍有很大部分的微生物基因缺乏功能注释或没有注释信息。因此，大多数猪肠道微生物的基因组和功能信息的可用性仍然有限。本研究中，作者使用了787个样本的宏基因组测序数据，包括本研究中测序的500个样本以及数据库中的287个猪肠道宏基因组数据，建立了猪肠道微生物组的基因目录（PIGC），为深入了解猪肠道微生物提供了重要资源。
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研究思路
图1 猪肠道微生物基因组构建流程图
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研究结论
本研究中，作者通过宏基因组测序，建立了猪肠道微生物组的基因目录（PIGC），覆盖了1724万个90%同源蛋白，构建了6339个微生物基因组。通过Binning分箱，获得了6339个宏基因组组装基因组（MAGs），聚类到2673个种水平基因组分箱中（SGBs），其中86%（2309个SGBs）根据现有数据库是未知的。利用目前的基因目录和MAGs，作者发现野猪和杜洛克猪肠道微生物群之间在菌株水平存在明显差异，这主要得益于基因组的完善。因此，通过宏基因组测序及Binning分箱构建的PIGC和MAGs为猪肠道微生物群相关的研究提供了广泛的资源。
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