GO/KEGG富集分析,用于展示GO或者KEGG的富集情况。GO/KEGG富集气泡图是将富集结果中的富集通路、所要展现的数值,完美结合在一起。那我们在拿到差异基因后如何进行富集分析以及如何针对已有的富集分析结果进行气泡图的绘制呢?接下来就跟随小编来看一下百易云工具如何同时实现这两个需求吧!!
检索云工具
01 进入云工具网址:https://cloud.bioyigene.com/tool/index
02 在搜索框中搜索“GO富集分析”或“KEGG富集分析”,点击进入(这里以“GO富集分析”为例)
进入云工具“GO富集分析”后的界面如下:
文件准备
可根据图表说明文档中的说明或示例文件进行准备。
示例文件获取方式如下:
“GO富集分析”的输入表格通常为差异表达基因,文件只包含一列,每行表示一个基因,不含表头,输入的基因ID为SYMBOL形式。如下所示:
输入文件可在excel中编辑好,然后另存为“文本文件(制表符分隔)(*.txt)”。需要注意的是,文件名以及文件中的内容只包含数字、字母、下划线,不能含有中文状态下的标点符号,特殊字符等。
运行
准备好输入文件后,按以下步骤上传准备好的输入文件并运行。
01 点击通用参数-选择文件
02 进入文件列表窗口,点击上传文件
03 点击上传文件的按钮,在弹出的对话框中选择准备好的文件
04 上传成功后会跳转到文件列表窗口,点击选择对应的文件(上传后的文件保存在这里,如果之前上传过该工具的文件,可以直接选择之前上传的文件)
05 根据拉丁名,选择对应的物种信息(示例文件中的基因ID对应的物种为人)
06 点击运行即可
运行成功!点击“选择下载文件”即可下载结果文件。
结果图如下:
如果想针对富集的结果重新选择目标通路进行气泡图的绘制,或对其进行美化,可使用前期获得的out.go_enrichment.xls结果文件或自己整理好的富集结果文件到云工具“富集气泡图”重新绘图。
文件上传
根据自己的需求上传对应的文件,并选择对应的参数。
运行并下载
运行成功即可下载,如需调整颜色、字体等,可到高级参数中进行设置。
结果图如下:
01 富集分析
02 气泡图绘制



