CCA/RDA分析介绍
在微生物群落研究中，我们通常都希望知道微生物群落变化是会受到哪些因素的影响，在这些因素中，哪些因素是主要的影响因素？想要解决这一问题就需要我们将微生物群落数据与其所对应的环境因子（如土壤研究中的pH值、酸碱度，疾病研究中临床理化因子等）进行关联分析，CCA/RDA是使用最早和使用频率最高的环境因子关联分析方法，接下来让我们一起深入了解百易云工具如何实现CCA/RDA分析。
CCA/RDA分析
01 检索云工具
1、进入云工具网址：https://cloud.bioyigene.com/tool/index
2、在搜索框中搜索“CCA/RDA分析”，点击进入。
进入云工具“CCA/RDA分析”页面如下：
左边的区域为结果展示区域，右边的区域是参数设置区域。
参数设置区域包括三部分，第一部分为图表说明，其中包含工具的介绍，输入文件格式和内容说明，参数调整说明以及图表解读，建议详细阅读；第二部分为通用参数，可以上传文件，设置基本参数；第三部分是高级参数，用来对结果做进一步调整。
02 文件准备
可根据图表说明文档中的说明或示例文件进行准备。
示例文件获取方式如下：
输入的OTU丰度表文件格式如下， 第一行为样本；第一列为OTU/ASV序列名称
环境因子文件格式如下，第一行为样本，第一列为对应的环境因子（建议环境因子指标不小于3个）
分组文件格式如下，由2列组成，第一列为样本名称，第二列为样本对应的组名
准备好文件后，可以保存为excel专用的xlsx格式文件，或csv（逗号分隔）文件文本或txt（制表符分隔）的文件文件。保存的文件名不能存在以下形式：空格( )、中文符号下的特殊字符（如*、%、+、/等）、括号。
03 上传文件并运行
准备好输入文件后，按以下步骤上传准备好的输入文件并运行。
1.点击通用参数-选择文件
2.进入文件列表窗口，点击上传文件
3. 在弹出的对话框中选择准备好的文件，上传完成后会在该页面上方显示上传成功。
4. 点击选择对应的文件（上传后的文件保存在这里，如果之前上传过该工具的文件，可以直接选择之前上传的文件），在通用参数中出现上传文件的文件名。
5. 点击运行，会在页面上方出现任务提交成功标志。可以通过刷新任务或进入云工具任务查看对应任务的进度。
6.运行成功！点击“选择下载文件”即可进行下载对应的结果。
更多参数调整请到百易云工具“CCA/RDA分析”查看！
视频讲解
