经历了80年代船舶出口的浪潮，江南造船的产品逐渐从常规船型发展到包括液化石油气船、汽车运输船、全铝自控水翼高速客船等具有国际先进水平的高技术含量船舶，跃上新的台阶。
1990年，国内首艘自行设计建造的3000立方米全压式液化气（LPG）船“华粤”（后改名为“鲲鹏”）号在江南造船交付。当时世界上只有日本、荷兰等几个国家可以建造此类船舶。
由江南造船建造的中国第一艘跨海火车渡轮“粤海铁”火车渡轮填补了中国火车渡轮建造上的空白，结束了海南与外省无法通火车的历史。
90年代的江南造船虽然已经达到了普通散货船开发和建造的制高点，但永不止步的江南造船又瞄准了高技术、高附加值船舶这一片“蓝海”，从1995年下半年起，江南造船相继承接了一批中国造船史上没有建造过的高技术、高附加值船舶，共四种船型十八艘船，在国内率先实现了民船产品结构由普通散货船向高技术船舶的升级换代。经此一役，江南造船成为业界公认的技术水平最高的中国船厂。
“四型十八艘”分别是70800吨巴拿马型自卸式散货船、13700吨化学品/成品油船、1236TEU高速无舱口盖集装箱船、22000立方米半冷半压式乙烯液化气船。她们结构复杂，设备先进，建造材料特殊，工艺技术要求高，工程量和建造难度大。“四型十八艘”就像一座座山，横亘在江南造船每一位员工面前，也又一次激发出江南人无穷的潜力。经过几年努力，这十八艘船全部成功交付，创造了中国船厂建造高技术船舶的新纪录，标志着中国造船能力迈上了新台阶。通过“四型十八艘”高附加值船型的建造，江南造船完成了一定的技术储备，为未来的发展奠定了技术基础。
在新的历史时期，江南造船不仅在高技术民用船舶方面取得累累硕果，更在海军装备建造方面方面取得重大突破。江南造船为海军研发建造了大量先进的舰艇武器装备，铸起了一道坚固的海上钢铁长城。
80年代，中国放弃了引进某国武器装备造舰的计划，决定自力更生研制第二代新型导弹驱逐舰。1983年，中央军委下达了研制新型导弹驱逐舰的批示。建造新型导弹驱逐舰的厂家必须是国家信得过的企业，上级领导将目光投向了江南造船。
1986年4月1日零点，新型导弹驱逐舰专项工程在江南造船正式启动，定义为国家重点专项工程项目，该型导弹驱逐舰作为当时中国海军的主力战舰，是中国第一艘具有较强防空、反潜能力的导弹驱逐舰，我国首次选用新型特种钢材、创新设计理念、配置特殊动力系统等，在中国大型水面舰艇建造史上具有里程碑意义，1991年8月22日，新型导弹驱逐舰首舰112舰下水，1994年5月8日交付。 112舰为当时人民海军主力战舰，被中央军委授予“海上先锋舰”称号，被誉为“中华第一舰”。
1997年2月，由112舰、113舰为主组成的两支中国海军舰艇编队分别访问美洲四国、东南亚三国，其中112舰编队是我国海军首次环绕太平洋的洲际远航，中国海军第一次成功横渡太平洋、第一次到达美国本土访问、第一次访问拉美国家、总航程2.4万海里，比郑和七下西洋的航程还要远一倍多。
