蛇口海关集中查验改革将分步走、试运行，最终实行双随机（随机派单、随机派岗）、阅卷式（8月1号以后推出查验管理辅助系统使用平板网上派单、查阅查验结果等）、双监控（查验台安装高清摄像台和执法记录仪）、全封闭。双随机和双监控已经执行，查验场地已经完成物理隔离，现在要推行全封闭查验。
全封闭查验将分三个阶段推行
第一阶段6月19号至6月25号
由报关员在集中查验中心综合楼一楼候查大厅前台派单，派单的前提是单到柜到并且在海关派单列上，派完单后单证由海关内部流转至查验台查验关员手中，报关员凭报关企业书面委托书向查验科申请出入证仍可上查验台全程跟进卸货、找货、开箱查验、封箱、装柜，查验完毕后单证再由海关内部从查验台流转至查验候查大厅前台录入查验处理结果/放行；
第二阶段6月26号至7月31号
报关员向海关查验前台派单，前提也是单到柜到并且在海关派单列表上，派完单后单证由海关内部流转至查验台查验关员手中，报关员不能上台，只能在查验候查大厅等候，候查大厅显示屏会显示卸货状态，待屏幕上显示货已卸好报关员凭报关企业书面委托书向查验科申请出入证上台协助查验（卸货过程报关员不得在场），查验完毕后单证由海关内部流转至查验候查大厅前台录入查验处理结果/放行；
第三阶段8月1开始实行
单到柜到并在海关派单列表上，报关员向查验科前台派单，派完单后单证由海关内部流转至查验关员手中，报关员不能上台，只能在查验候查大厅等候结果，查验过程中卸货、开箱查验、装柜报关员均不在场，只有发现异常在查验关员通知报关员配合查验的前提下，报关员凭报关企业委托书向查验科申请出入证进入查验场地，待查验完毕后单证由海关内部流转至查验候查大厅前台录入查验处理结果/放行。