为进一步减轻洱海富营养化压力、切实减少流入洱海的污染负荷，不断加大洱海流域畜禽养殖污染治理与资源化工程实施力度，州委、州政府将洱海流域畜禽养殖污染治理与资源化工程项目列入实现洱海Ⅱ类水质目标三年行动计划的重要工程，以环湖截污治污、农业面源污染控制等工作为重点，加大商品有机肥推广使用宣传力度，强化全民洱海保护意识，加快畜禽粪便无害化处理和资源化利用项目建设，充分发挥已建成畜禽粪便收集站和有机肥厂的作用，全面推广使用洱海流域收集的畜禽粪便为原料加工生产的商品有机肥，切实减少农业面源污染对洱海水质和生态环境的影响。
由云南顺丰生物科技肥业开发有限公司承担实施的“洱海流域畜禽养殖污染治理与资源化工程”，主要覆盖大理市内辖区，已建成畜禽粪便收集站3座，并于2012年正式投产，投产至今共收集洱海流域牛粪约28万吨，生产有机肥约7万吨，实现销售收入约2.8亿元。由大理洱海生物肥业有限公司承担实施的“洱源县洱海流域畜禽养殖污染治理与资源化工程”，占地约80亩，于2012年12月25日正式开工建设，预计2014年12月竣工投产，建成后每年可收集处理各种畜禽粪便近80万吨，有机肥产将达到20万吨。预计大理市与洱源县的两个生态有机肥项目全部建完投产后，每年可处理洱海流域畜禽粪便及其他废弃物160万吨。据测算，大理市每年可削减入湖污染化学需氧量4698.33吨，氨氮43.39吨，总氮303.32吨，总磷108.61吨。洱源县每年可削减入湖污染化学需氧量9300吨，氨氮1131吨，总氮354吨，总磷513吨。
此外，针对大理市、洱源县养殖业污染比较严重和牛粪便大多为冷性肥料的问题，大理市、洱源县建设了中温沼气站共16座。为实现资源循环利用、确保中温沼气站的规范化管理，经州、市（县）政府批准，已将大理市6座中温沼气站、洱源县10座中温沼气站分别移交顺丰公司和大理洱海生物肥业有限公司经营管理。沼气代替煤的使用大大减轻了环境污染，以沼渣、沼液为主要原料生产出来的生态有机肥、生物菌肥的推广能大幅度减少传统化学肥料的使用、改良了土壤、提升了农产品品质、确保了食品安全。沼气和畜禽粪便的资源化利用不仅增加了养殖户收入，而且实现了资源的良性循环利用。
生物科技肥业公司组建投产以来，得到了中央、省、州、市各级的高度重视和大力支持，2012年，中央下发试点补助资金800万元，用于顺丰公司开展“洱海流域畜禽养殖污染治理与资源化工程”专项经费。自项目实施以来，州、市政府补助专项资金支持项目推进。2012年，市政府下发《大理市人民政府办公室关于印发大理市洱海流域畜禽粪便收集处理监管及奖补实施办法（试行）的通知》，对畜禽粪便收集处理实行定补制度，即：畜禽粪便收集处理企业每收集处理新鲜畜禽粪便1吨，给予补助20元，并按州30%、市70%的承担比例纳入年度财政预算。自2012年政策实施以来，州、市已累计对收集处理企业补助资金560余万元。
为加快推进洱海流域畜禽粪便无害化处理和资源化利用，有效降低农业生产对化学肥料过度依赖，切实减轻因过度施用化肥而造成的农业面源污染及其对洱海水环境的影响，转变以产量取胜的农业生产方式，推动我市农业向优质、高效、生态、安全方向发展，大理市认真贯彻《2014年洱海流域保护治理工作意见》（大发〔2014〕1号）精神，深入推进洱海流域保护“2333”行动计划，紧紧围绕州、市党委、政府签订的《2014年洱海流域保护治理目标责任书》要求，结合大理市实际，制定了《大理市2014年农业面源污染治理商品有机肥推广使用5万亩无公害农产品生产基地建设1500亩清退库塘实施方案》。方案中明确了2014年内完成补贴使用商品有机肥1万吨，应用面积约2万亩的目标任务。补贴的有机肥以消化处理本市畜禽粪便和作物秸秆为宗旨，在同等条件下，优先安排收集本市范围内畜禽粪便和作物秸秆用于加工有机肥的企业产品。在试点的基础上不断总结和完善补贴推广的方式和机制，力争用5年时间逐步在全市推广和应用；完成清退库塘养殖面积1500亩的目标任务；建成无公害农产品生产基地5万亩，并逐年推进全市无公害农产品基地建设，2019年全面实现海西及环湖区域种植业无公害化生产，把农业面源污染降到最低程度。