在“营改增”之前，国际货运代理企业一直属于地税部门负责的营业税征收范围，国际货代公司按照按照收入-成本的差额，缴纳5%的货运代理业营业税及附加。自2013年“营改增”施行以来，国际货运代理服务相关政策变化较大，从延续原营业税差额征税到取消差额征税，再到恢复部分差额征税和免税并存，不断更迭。货运代理合同不属于应税凭证的范围，无需缴纳印花税。
◆2012年1月1日～2013年7月31日，执行财税〔2011〕111号文件。
《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》
◆试点纳税人中的小规模纳税人提供交通运输业服务和国际货物运输代理服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，其支付给试点纳税人的价款，允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除。
◆试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，其支付给试点纳税人的价款，也允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除；其支付给试点纳税人的价款，取得增值税专用发票的，不得从其取得的全部价款和价外费用中扣除。
◆允许扣除价款的项目，应当符合国家有关营业税差额征税政策规定。
◆试点纳税人从全部价款和价外费用中扣除价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局有关规定的凭证。否则，不得扣除。
此期间发生的国际货运代理服务，一般纳税人和小规模纳税人延续了原营业税政策，支付给非试点、试点纳税人的价款，允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除，即差额征税计算方式相同。需要注意的是，一般纳税支付给试点纳税人的价款，如果取得增值税专用发票时，通过认证后可以抵税，故不得重复享受差额征税优惠政策。
（财税〔2011〕111号）主要是针对试点地区的企业，其它非试点的企业，其实也是同步延续了差额征税政策。
◆2013年8月1日～2013年12月31日，执行财税〔2013〕37号文件。
《财政部、国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号）
◆经中国人民银行、商务部、银监会批准从事融资租赁业务的试点纳税人提供有形动产融资租赁服务，以取得的全部价款和价外费用（包括残值）扣除由出租方承担的有形动产的贷款利息（包括外汇借款和人民币借款利息）、关税、进口环节消费税、安装费、保险费的余额为销售额。
◆试点纳税人从全部价款和价外费用中扣除价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局有关规定的有效凭证。否则，不得扣除。
◆该文件取消了除有形动产融资租赁服务之外的其他差额征税政策，意味着国际货运代理服务不再适用差额征税政策。
结合财税〔2013〕106号文件的追溯条款，此期间发生的国际货运代理服务执行免税政策，但仅适用于直接代理。同时，该文件保留了有形动产融资租赁差额征税政策，国际货运代理服务不分一般纳税人和小规模企业提供，差额征税政策均被取消，即此期间该项服务不得扣除任何项目（包括行政事业性收费），应统一按照增值税计税方法计税。
财税〔2013〕37号文件未考虑差额征税政策的延续性，为保持与财税〔2011〕111号文件的协调性，财税〔2013〕106号文件补充规定，注册在北京市、天津市等9省市的试点纳税人提供应税服务（不含有形动产融资租赁服务），凭2013年8月1日前开具的符合规定的凭证计算的部分，在2013年8月1日前可按有关规定以扣除支付价款后的余额为销售额的，此前尚未抵减的部分，允许在2014年6月30日前继续抵减销售额，到期抵减不完的不得继续抵减。
◆2014年1月1日至今，执行财税〔2013〕106号文件。
《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号）
◆试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给国际运输企业的国际运输费用后的余额为销售额。
◆试点纳税人从全部价款和价外费用中扣除价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证。否则，不得扣除。
◆该文件对国际货物运输代理服务差额征税政策进行了部分恢复，并对适用免税政策的时间进行了追溯。
附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》
◆试点纳税人提供国际货物运输代理服务，向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入，以及向国际运输承运人支付的国际运输费用，必须通过金融机构进行结算。
◆试点纳税人为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供的货物运输代理服务参照国际货物运输代理服务有关规定执行。
◆委托方索取发票的，试点纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票。
国际货运代理业恢复了部分差额征税政策，但一般纳税人与小规模纳税人实行不同的抵扣项目，小规模纳税人可以扣除向委托方收取并代为支付的行政事业性收费，一般纳税人除可扣除委托方收取并代为支付的行政事业性收费外，还可扣除支付给国际运输企业的国际运输费用。
同时，在该行业引入免税政策，并分别强调了适用差额征税、免税政策的前提。差额征税政策、免税政策要求委托方必须是直接代理。另外，免税政策还要求试点纳税人向委托人收取的全部代理服务收入，以及向其他代理人支付的全部代理费用必须通过金融机构结算，并追溯至2013年8月1日，即只要符合条件，就可实行免税政策。如果当时开具的是增值税专用发票，需将专用发票追回后方可适用免税政策。该项政策不区分一般纳税人和小规模纳税人。
◆国家税务总局公告2014年第42号针对财税〔2013〕106号文件“直接代理”问题作出了进一步补充，自2014年9月1日起，扩大国际货运代理业免税范围。
《国家税务总局关于国际货物运输代理服务有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2014年第42号）
◆试点纳税人通过其他代理人，间接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续，可按照财税〔2013〕106号文件附件3第一条第（十四）项免征增值税。
◆该文件将适用免税政策的范围扩大至通过金融机构结算的间接代理。
不管是直接提供还是间接提供，只要最终提供的服务是国际货物运输代理服务，不再区分直接代理还是间接代理，就可以享受免税政策。前提是通过金融机构结算。需要注意的是，货代公司为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供货物运输代理服务的，参照国际货物运输代理服务有关规定执行。
从总体来看，财税〔2013〕106号文比37号文对于国际货运代理服务的政策上有了巨大的转变，由之前的严格按照增值税的传统思路转为既能差额又能免税的情况。差额，即是解决了港建费等政府性基金或者行政事业性收费和支付给境外非居民国际运输企业运输费用在营业税时代可以抵扣而营改增以后不能抵扣的问题；免税，则是对我国国际货代行业的进一步支持，能够提升国际货运代理企业在国际市场上的竞争力，切实减轻企业负担、促进我国物流行业的健康发展。
而且，从国税总发布2014年第42号公告，进一步扩大了国际货物运输代理服务的免税范围，不管是直接提供还是间接提供国际货物运输代理服务，也就是俗称的“一代、二代、三代”，只要按照文件规定，都可以享受免税政策。
依据上海市税务局2015年6月《上海市国际货物运输代理服务增值税免税管理问题解答》：
◆从事货物运输代理服务的试点纳税人应分别核算应征增值税、免征增值税、简易计税方式、非增值税应税项目的进项税额。纳税人购进货物、接受修理修配劳务或者应税服务，取得的进项税额中属于国际货物运输代理免税项目对应的进项税额部分，应作进项税额转出处理。
◆适用一般计税方法的纳税人，兼营简易计税方法计税项目、非增值税应税劳务、免征增值税项目而无法划分不得抵扣的进项税额的，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：
◆不得抵扣的进项税额＝当期无法划分的全部进项税额×（当期简易计税方法计税项目销售额+非增值税应税劳务营业额+免征增值税项目销售额）÷（当期全部销售额+当期全部营业额）
但是，在国际货代企业的实际操作中，依然存在诸多的问题：
◆国际货代和国内货代难以区分。从业务链条来看，国内货代不涉及报关、出口，业务流程较短。而国际货代通常需借助国内货代，以及无船承运企业、船公司等国际货代公司共同完成业务，需要众多国内运输、仓储、装卸搬运、客货场站、港口码头等提供物流辅助服务企业共同运作，企业取得收入通常是打包收入，要从中间分割出符合42号文件规定的国际货代收入，较为困难。
◆免税对应的进项税额难以划分。由于国际货代免税，其对应的进项税额需要转出，而国内货代征税，进项税额需计入，这样进项税额划分存在较大的不确定性。
◆部分国际货代衍生收费是否免税不明确。国际货代的收费项目繁多，据不完全统计有近百项。这些辅助物流收费项目，因不在“货物运输代理服务”税目中，能否免税各地在执行时有一定差异。部分实际属于国际货代难以分割的收入，如“代理报关”服务，因106号文将其划分为单独的税目，就不在国际货代的免税范围中了，但从其业务实质来看，报关就是为了出口，符合国际货代业务实质，应予免税。
◆一代企业在享受免税时，可以提供与航空公司、船公司以及铁路公司的国际运输合同，以证明其参与了国际运输可以提供与“二代”企业的代理合同，以证明其参与国际货代产业链分工，部分企业还可以代表船东签发海运提单。这些资料可以互相印证，辨别国际货代业务流向，体现国际货代业务实质，较大程度减少了管理风险。但间接提供国际货代企业，往往难以提供证明其从事国际货代的资料，这在某种程度上可能使二代或者三代等企业，难以充分足额地享受税收优惠政策。其主要体现在以下3个方面：
1.提单的局限性。提单具有国际运输合同、收款凭证、物权凭证三个功能，由船公司、航空公司或无船承运人签发，在国际货代企业间流转，最终传递给收货人。提单是国际货代企业参与国际运输的直接证明，但货代企业手中没有提单原件，即使有提单，判断起来也有难度，这是因为提单上通常没有除一代企业之外的其他货代企业信息、提单在形式上不统一等。提单在证明间接货代企业方面难以充分发挥作用，可能会对中小型货代企业落实税收政策产生一定影响。
2.委托代理合同的局限性。货代企业之间、货代企业与货主之间签订的业务合同一般是框架合同，约定的是业务关系，每单业务的具体开展情况、收费标准无从知晓，仅审核委托代理合同，二代、三代企业是否从事了国际货代业务，参与了多少份额均难以确定。
3.银行结算凭证的局限性。42 号公告再次重申，收取代理服务收入、支付代理费用，必须通过金融机构结算。在实际操作中，货代企业间、货代企业与货主间存在大量的银行结算业务，货代企业频繁、大量、低值交易的特点使得银行结算信息巨大，其现金流凭据与企业发票流之间的关系很难一一匹配。
◆国际货代主要是为商品出口提供物流辅助服务，对其免税符合商品、劳务、应税服务在出口环节保持税负为零的出口退（免）税原则。虽然免税具有合理性，但打断了增值税链条。从增值税在各国的实践来看，增值税有链条式抵扣的优势，税负在上下游产业链中均匀分布，每个参与产业链的企业就本环节的增值部分缴税。如果产业链前道环节免税，会形成后道环节的税负增加，形成累积征税效应。国际货代虽为出口商品提供服务，但服务的对象仍是国内企业，其税负也要最终传递到出口商。对国际货代免税，而免税不能开出增值税专用发票，势必会形成出口商的税负增加。
当然，在现行税制下，用于出口的国际货代进项税额不得抵扣和退税，出口企业没有索取专用发票的积极性（只能通过上游企业免税来降低货代费用）。但从增值税流转环节看，国际货代免税后，国际货代企业不对货主开具增值税专用发票，货主也没有抵扣进项税，免税整体上不会影响国家财政收入。
◆免税有利于出口导向，给予国际货代免税有利于缓解出口压力，扩大国际运输的定价自主权，加快国际运输的产业发展。但国内货代同样重要，当前我国内需不足，与国内物流成本高存在一定相关性。如果国内货代与国际货代存在政策不平衡，势必迫使国内货代企业争取免税政策。
事实上，国内货代与国际货代难以有效区分，一单国际货代业务实际上是国内运输、物流辅助服务与国际运输的结合，对于众多的二代、三代国际货代企业，其从事的业务还是将货物从内地通过铁路、空运、内河、公路运到机场、码头或者铁路货场，由一代企业集装出口，因此二代、三代企业的收入中既包含国际运输费用，同时还包括国内环节大量的物流辅功服务，企业是按国内段和国际段划分清楚并分别征免，还是因一次收取费用而全部作为国际货代免税，需要根据合同及业务完成情况进行具体判断，这项工作难度很高，在实践中也容易引发争议。
◆国际货代是联系货主和运输企业的纽带，是国际货物运输的重要辅助业态，商业地位极为重要。而且，国际货代实质是对国际运输提供辅助服务。在国际运输零税率政策下，如果对国际货代征税，实际上是在代理环节补征了国际运输环节免征的增值税，将导致国际货代企业与国际运输企业利益格局的重新博弈，影响了国际运输零税率优惠政策的实施效果。因此，给予国际货代免税政策，有利于落实国际运输零税率的政策，真正起到鼓励我国国际运输企业发展壮大的目的。
◆我国货运代理行业起步较晚，历史较短，但是由于国家重视，政策鼓励，规范发展，发展迅速，已经成为我国对外贸易运输事业的重要力量，对于我国的对外贸易和国际运输事业的发展，乃至整个国民经济的发展起到不可替代的作用。
武汉中实国际物流有限公司成立于2004年，一直在逐步完善国内外服务网络，致力于为国内外广大客户提供全面的国际货运代理解决方案，拥有“一代”货代资格。
公司始终遵循“以客户为中心”的精神，以“降低客户经营成本”和“伙伴式双赢策略”为准则的服务模式，以服务社会为价值取向的宗旨，竭诚为各界提供“安全、迅速、准确、节省、方便、满意”的国际货物代理服务。
