证券交易机构的治理组织结构主要有两种形式，即会员制和公司制。在1993年之前全世界的交易所组织结构都只有会员制一种形式，但是自1993年瑞典的斯德哥尔摩股票交易所第一个实行股份制改革之后，许多国家纷纷效仿，如香港交易结算有限公司、伦敦证交所等实现组织改制。场外交易市场也加入了改制行列，2006年NASDAQ实行公司制，2008年日本JASDAQ被大阪交易所收购后成为公司制机构。
会员制交易机构不以盈利为目的，实行自律型管理的法人组织，一般由若干证券公司和企业自愿组成，其法律地位相当于一般的社会团体。公司制证券交易机构是以营利为目的，提供交易场所和服务人员，方便证券商交易与交割的证券交易机构，一般由商业银行、证券公司、投资信托机构及各类工商企业等共同出资入股建立。
会员制交易机构的最大特点：（1）会员制交易机构的会员既是机构的所有者，又是经营者，而且允许其会员直接参与股票交易，在股票交易中难免出现交易的不公正性，同时又禁止非会员交易，因而容易形成事实上的垄断，不利于服务质量的提高和进一步降低收费标准；（2）会员制交易机构一般是集体决策机制，实行一人一票的原则，不考虑会员在交易机构中占有的份额；（3）其收入来源主要靠会员缴纳的会费、证券上市费和一些特殊服务的收费，而且其收益不向会员分配；（4）会员制交易机构对交易行为只负有监管义务，而由交易方违法交易造成对方损失的，不承担赔偿责任。
公司制交易机构最大的特点：（1）公司制交易机构的股票既配售给其原有会员，也发售外部投资者，但会员可以不拥有交易机构股份，可以在不拥有交易机构所有权的情况下在交易机构进行交易，无需参与交易机构的经营决策与管理。但为了在一定程度上保证交易的公平，交易机构的经营人员不能参与证券买卖；（2）实行一股一票的原则，即在股东大会上每个股东根据其持有股份的多少按股投票，每股权力平等，在重大人事、策略的变更方面由较多票数决定；（3）其主要收入来自从按照成交额比例向发行公司收取的上市费用和证券交易的佣金；（4）买卖双方如有违约而使一方受损时，需以公司名义对外承担赔偿损失的责任。
会员制治理结构适合在垄断市场中使用，以降低垄断企业的垄断利润，增加社会福利，但存在反应迟钝、效率低下、经营目的模糊等缺陷。公司制治理结构在筹集资金、经营目标、经营效率和对外界变化反应速度等方面存在显著优势，而且打破了会员对交易的垄断权，促进了竞争；同时，以盈利为目的公司制交易机构也会积极地进行设备更新和产品创新，是现代企业所普遍采取的一种治理结构。
沪深交易所成立之初是会员制形式，但受政府直接管辖，不是完全意义上的会员制。在我国的320家产权交易所中，会员制是规模较大的产权交易机构常用的组织形式，更多的产权交易机构实行产权项目直接受理和间接受理并行的会员制度。天津股权交易所在我国OTC市场发展中是成立最早的交易市场，且从成立之初即采取了较为先进的公司制组织形式。