随着蛋白质组学在药物研发中应用场景的拓展，除了助力验证药物靶向性和寻找生物标志物外，还可以基于质谱实现对目标蛋白的绝对定量，摆脱对抗体的依赖性。另外，在单克隆抗体药物研发生产或药物申报等场景下，基于高分辨质谱可实现对抗体/蛋白100%全覆盖测序，保证其不同批次间序列准确性和安全性。
本期将介绍景杰生物工业蛋白质组学系列产品之靶蛋白绝对定量和抗体测序产品。
背景介绍：随着蛋白组学的应用普及，无论是分析药物靶点还是验证药靶特异性均具有重要推动作用。而在明确药靶后，如何实现绝对定量样本中靶蛋白含量变化也是一大挑战。过去大家往往依赖于酶联免疫吸附试验（ELISA），但在实验中ELISA存在以下局限性：
1）ELISA实验依赖于抗原抗体特异性结合，抗体的质量一定程度上影响了检测结果；
2）ELISA虽然具有较高的灵敏度，但对于极低浓度的靶蛋白（尤其在靶向降解蛋白实验中），其检测能力会受到限制。
相比于ELISA，基于高分辨质谱的蛋白绝对定量方法通过检测目标肽段，不仅摆脱了对抗体的依赖性，并且在保证灵敏度的前提下，可以精准检测极低浓度的靶蛋白或肽段，完美规避ELISA的缺点。
产品描述：平行反应监测技术（Parallel Reaction Monitoring, PRM）是一种基于质谱技术实现绝对定量生物样品中的特定蛋白质或肽段。这种技术主要用于靶向蛋白质组学研究，能够以高精度和高灵敏度定量检测特定的蛋白质或肽段。PRM技术流程是基于高分辨率质谱仪，结合目标蛋白的重标肽段，利用已知浓度重标肽（梯度稀释）建立标准曲线，根据实际检测样品中目标肽段和靶蛋白重标肽丰度比值计算目标蛋白浓度。值得一提的是，景杰生物PRM同批可检测几十至上百个肽段，相比于传统方法，可大大提高检测效率。
该案例中检测对象为KARS G12C，目的为评价待测药物在该靶点的占有率。由于没有相关抗体，PRM是一种有效的检测手段。重标肽的标准曲线显示PRM方法具有高灵敏性，检测下限可达0.5 pg/μg，定量下限可达1.2 pg/μg。在药物处理后，针对KRAS G12C目标肽段，结果显示随着药物浓度的增加，在20 mg/kg剂量达到阈值平台，KARS G12C靶点占有率达70%。
背景介绍：随着生物技术的迅速发展，尤其在生物制药领域，单克隆抗体（mABs）已成为多种疾病（包括癌症、自身免疫性疾病、感染性疾病等）的治疗手段之一。针对单克隆抗体药物的开发，不仅需要确保抗体药物在结构上具有高度的特异性、亲和力以及安全性，还要确保单克隆抗体药物（尤其是可变区）在纯化生产过程中避免突变所导致的药效丧失及安全性的影响。因此，质控仍是单克隆抗体研发制备的重要一环。
产品描述：抗体测序是一种基于质谱的检测方法，可实现100%氨基酸序列全覆盖检测。具体流程为将纯化后的抗体/蛋白用多种酶进行消化，酶解后的肽段进行质谱采集分析，最后将不同片段信息进行拼接整合，形成100%准确的氨基酸序列。抗体测序技术不仅适用于抗体蛋白，其应用还可扩展至小分子截短蛋白或突变蛋白等检测。值得一提的是，除了抗体测序，景杰生物还可以提供重组纯化抗体以及测定抗体的亲和力服务，全链条服务以充分保障数据的完整性和可靠性。
图3 抗体测序流程图
该抗体测序案例将抗体B酶解后的片段进行质谱检测，首先是进行质控，从结果可以看到，无论是总二级谱图数还是平均置信区间（Average Local Confidence，ALC）>50%谱图值均满足检测和分析要求。接着通过质谱检测全局的肽段信息，进行de novo测序和AI算法拟合拼接生成完整氨基酸序列，实现抗体100%全覆盖序列检测。获得抗体B序列后，重组纯化验证其效价与标准品一致，进一步证实抗体测序的准确性和抗体的有效性。
景杰生物作为蛋白质组学驱动精准医学领域的领军企业，在行业内率先推出高灵敏度和高准确度的4D蛋白质组学、10X Proteomics、修饰组学技术，相关业务包含：PROTAC分子降解图谱分析、药物靶蛋白解析、共价药物靶向半胱氨酸位点分析、靶蛋白绝对定量、生物标志物鉴定、蛋白组/翻译后修饰组学分析和抗体测序及表达等。截至目前，已与国内外多个大型药企合作，科研项目成果接连见刊于Cell、Nature、Cancer Cell、Cell Research等国际顶尖杂志，涵盖医学、动植物学等各领域。欢迎各位老师前来咨询！
景杰生物作为修饰组学领域的领跑者，拥有多种修饰抗体和修饰组学质谱检测服务。如果您想了解相关产品和服务的更多信息，请扫描下方二维码填写合作咨询表单、或咨询景杰生物销售工程师、或拨打科服热线400-100-1145。如有转载、投稿等其他合作需求，请在文章下方留言，或添加微信ptm-market咨询。
