实用！如何预测蛋白质上的修饰位点？CSS-Palm一下！

景杰学术/攻略

今天小编要给大家安利的是

一款功能强大并且便于操作的

生物信息学预测网站，

CSS-Palm!

能帮助我们轻松预测蛋白质上的修饰位点。

可能在此之前，

大家接触最多的是

预测磷酸化位点的网站PhosphoSitePlus。

但是CSS-Palm

能集多种预测功能于一体，

功能更加全面。

它由中山大学任间教授

和华中科技大学薛宇教授共同创建。

到目前为止，

CSS-Palm已经在多篇高水平文章中被运用，

可见具有高度的权威性。

CSS-Palm的用法非常简单，首先搜索“CSS-Palm”或者复制网站地址进入（http://csspalm.biocuckoo.org/）。

STEP1：点击“ONLINE”，左侧显示的是我们可以预测的修饰类型。比如我们以乙酰化为例，点击进入乙酰化位点预测界面。

STEP2：点击界面上方“PREDICTION”，这里需要用到的蛋白序列的FASTA格式，选中所有的乙酰化酶，点击“Submit”。

结果输出：在预测出的结果中，我们可以知道修饰位点的位置，发生修饰的肽段序列以及可能促进该位点发生乙酰化修饰的乙酰化酶。

以上预测结果与已发表的SnapShot文章一致。同时可以看到，EP300，HAT1，KAT5和KAT8都可能促进H4K6位点乙酰化发生。

（Cell, 2014）

下面小编再带大家熟悉下磷酸化预测的步骤。

STEP1：点击进入磷酸化的预测界面，点击页面上方“WEBSERVER”。

STEP2：选中需要预测的激酶，输入FASTA格式蛋白序列，提交预测。

结果输出：我们除了能够获取发生修饰的氨基酸位点信息，还能预测到可能介导位点发生磷酸化修饰的激酶类型。

除以上的乙酰化和磷酸化外，这个网站还能够预测甲基化、棕榈酰化和SUMO化，预测方法同以上两种修饰。

如何预测蛋白质上的修饰位点？

CSS-Palm一下！

功能强大！

简单易操作！

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