01 旋转结构

使用rotate命令可对分子结构进行定向旋转，语法格式为：

rotate axis,angle,object-name,state

例如，将对象“1t46”沿Y轴旋转90°，输入命令：

rotate y, 90, 1t46

02 移动结构

通过translate命令实现结构平移，语法为：

translate vector,object-name,state

其中“vector”为三维坐标。如将“1t46”沿X轴正方向移动10单位：

translate [10,0,0], 1t46

03 相对移动

相对移动常用于展示分子间相互作用界面，如蛋白-蛋白结合区域。以PDB ID为1AVX的猪胰蛋白酶（链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂（链B）复合物为例，可通过拆分链、独立移动与旋转，清晰呈现界面特征。

# 分割蛋白
create rece = (chain A)
create ini = (chain B)
# 删除原始复合物
delete 1avx
# 着色
color green, rece
color pink, ini
# 定义相互作用界面（5Å内残基）
select inter = (byres ((rece within 5 of ini) or (ini within 5 of rece)))
color yellow, inter
# 分别旋转两个组分
origin rece
rotate y, 60, rece
origin ini
rotate y, -60, ini
# 聚焦并展示界面球状模型
zoom inter
show sph, inter
disable inter

用户可根据需要添加表面显示、调整光照等进一步优化视觉效果。

04 更改卡通样式

文献中常见的不同卡通（Cartoon）显示风格可通过菜单或命令设置。例如，启用“圆柱螺旋”样式：

set cartoon_cylindrical_helices = 1

使loop区域更平滑：

set cartoon_smooth_loops = on

默认情况下，二级结构连接处存在颜色渐变。如需取消，使用：

set cartoon_discrete_colors = on

此外，也可对Stick等非卡通模式的显示样式进行个性化设置。

05 设置自定义颜色

PyMOL支持通过RGB值定义新颜色，语法为：

set_color name, [red-float, green-float, blue-float]

例如定义名为“color1”的浅蓝色：

set_color color1, [167,219,247]

随后即可应用该颜色：

color color1, 1t46

06 修改标签

为满足出版级图像要求，需精细调整标签字体、大小、颜色及轮廓。设置距离标签保留两位小数：

set label_distance_digits, 2

角度标签同理：

set label_angle_digits, 2

通过命令设置标签样式：

# 设置字体（ID 12为常用无衬线字体）
set label_font_id, 12
# 设置大小（负数表示固定物理尺寸）
set label_size, -2
# 设置颜色与轮廓
set label_color, red
set label_outline_color, black
# 设置背景色
set label_bg_color, aquamarine

07 调节光效

光照设置对图像风格影响显著。在“Plugin → Lighting Settings”中可选择预设模式：default、metal、plastic、rubber 和 X-ray。通过调节滑块可实时预览效果。

所有光照参数均可通过命令行配置，便于脚本化操作。

08 图片渲染

直接保存图像质量较低，建议使用渲染功能提升清晰度。渲染前后对比明显：

PyMOL支持多种渲染模式，如添加轮廓线：

set ray_trace_color, magenta
set ray_trace_color, 0x0033ff

控制阴影显示：

set ray_shadows, on
set ray_shadows, off

开启透视效果（近大远小）：

set orthoscopic, off

调整视野角度以增强透视感：

set field_of_view, 60

控制景深虚化效果：

set depth_cue, 1  # 开启
set depth_cue, 0  # 关闭

选择不同渲染器（-1: 默认, 0: 内部, 1: PovRay）可影响渲染速度与图像质量，推荐根据系统环境对比测试。