1.适用范围不同
预算会计适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位，适用对象具有明显的非营利性，所以又称为非营利组织会计。而企业会计适用于以营利为目的的从事生产经营活动的各类企业。
2.会计核算的基础不同
预算会计中，财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制为会计核算基础;事业单位会计根据单位实际情况，分别采用收付实现制和权责发生制。企业会计均以权责发生制为会计核算基础。
3.会计要素构成不同
预算会计要素分为五大类：即资产、负债、净资产、收入和支出。企业会计要素分为六大类：即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。即使相同名称的会计要素，其内容在预算会计与企业会计上也存在较大差异。
4.会计等式不同
预算会计的恒等式为：资产十支出=负债+净资产十收入。企业会计的恒等式为：资产=负债十所有者权益。
5.预算会计的核算内容及方法具有特殊性
在预算会计中，固定资产一般应与固定基金相对应，固定资产不计提折旧;对外投资一般与投资基金相对应;对专用基金实行专款专用方法;一般不实行成本核算，即使有成本核算，也是内部成本核算;一般没有损益的核算。