由于税收和会计制度存在差异，所以汇算清缴时纳税事项要进行调整《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》(国税函[2008]875号)规定，应税收入同时满足四个条件即可确认所得税应税收入，而会计上除了要求同时满足税法规定的四个条件外还需要满足“经济利益是否很有可能流入企业”这个条件，显然税法确认应税收入的条件相对宽松，因而形成了会计上还没有确认收入，而在企业所得税汇算清缴时需要调增计算企业所得税的情形。无论是纳税人还是税务机关，均应重视这一差异造成的税收差异。
纳税人在计算应纳税所得额时，其会计处理办法同国家税收规定不一致的，应当依照国家有关税收的规定计算纳税。包括按照税法超规定的工资、费用和提取的业务招待费、福利费、工会费、教育费、折旧，不能在税前扣除的各种开支等。企业在计算当期应交所得税时，应在按照会计制度及相关准则计算的利润总额（即利润表中的利润总额）的基础上，加上（或减去）会计制度及相关准则与税法规定就某项收益、费用或损失确认和计量等的差异后，调整为应纳税所得额，并据以计算当期应交企业所得税。
目前，2016年度企业所得税年度申报的网上申报系统已经开通，纳税人可在网上办理申报手续。具体操作方法是，打开电脑，在各省、市税务局门户网站上，点出进入电子税务局，在“纳税申报”菜单下，有CA证书的（没有CA证书的，输入用户名、密码等），点击“登录”，按提示步骤操作，在“日常申报”菜单下，打开《企业所得税年度纳税申报表》，按步骤进行企业所得税年度纳税申报的操作。
提醒注意的是，纳税人在办理完2016年度企业所得税年度纳税申报手续后，发现有误的，在5月31日前，仍可在网上对已申报的数据进行修改。
《企业所得税法》第五十四条规定，企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款和应当按照规定附送财务会计报告和其他有关资料。因此，纳税人应5月31日前，向主管税务机关报送《企业所得税年度纳税申报表》和税务机关要求报送的其他有关资料，办理结清税款手续。如果纳税人因不可抗力，不能按期申报纳税的，可按照《税收征管法》及其实施细则的规定，向主管税务机关办理延期纳税申报手续。
需要提醒注意的是，纳税人在汇算清缴中发现应缴、多缴的税款，也必须在汇算清缴规定的期限内缴清、结清。否则，会增加企业涉税成本或引起不必要的经济损失。如用外币结算的，根据《企业所得税法实施条例》第一百三十条第一款规定，企业所得为人民币以外的货币的，预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。年度终了汇算清缴时，对已经按照月度或者季度预缴税款的人民币以外的货币，不再重新折合计算，只就全年未缴纳企业所得税的人民币以外的货币所得部分，按照纳税年度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。
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