RNA提取是分子生物学研究中最基础的实验之一,但RNA相比较DNA而言,因其易降解,经常让新手哭笑不得。
RNA易降解原因
内因:RNA因其自身特殊结构,本身不稳定,另外RNA分子2’位置上有游离的羟基,易形成2’,3’-环形磷酸盐中间产物,易分解。
外因:生物体内和外部环境中存在大量RNase,并且RNase不易失活。
炎炎夏日,何种方法能快速获取RNA呢?
Trizol是一种传统总RNA抽提试剂,内含含有酚、异硫氰酸胍和β-巯基乙醇等物质,能迅速破碎细胞,抑制细胞释放出的核酸酶。酚能使核蛋白质与核酸解聚;异硫氰酸胍是一类强力的蛋白质变性剂,使蛋白质二级结构消失,细胞结构降解,核蛋白迅速与核酸分离;β-巯基乙醇主要破坏RNase蛋白质中的二硫键。
实验准备
(RNA专用枪头、EP管、PBS、Trizol、氯仿、异丙醇、75%乙醇、DEPC水(0.1%等)
样本处理
(加入对应比例的Trizol组织液氮研磨后匀浆、培养细胞可直接收集)
(原则:确保裂解液能够彻底样本,保持溶液中核酸浓度适中)
离心后分三层:上层为水相的RNA;中层为DNA,脂类等;下层为细胞残渣,蛋白,多糖等。
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转移水相
转移水相时,枪尖随着液面下移而下移,避免扰乱分层,慢慢吸取,避免吸到中间相和下层有机相。
加入等体积的异丙醇,混匀,静置10分钟后,4℃,12000g离心10分钟。
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加入75%乙醇时轻轻加进去就好,避免把RNA沉淀吹散,RNA吹散后很难通过离心聚集到一起成为肉眼可见的沉淀,导致实验的失败。
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1、国内外知名厂家试剂盒法
配制Carrier RNA与裂解液的混合液
(Carrier RNA与裂解液混合后最多保存48小时,现配现用,成本高且操作繁琐)
样本前处理
室温孵育(10分钟)
离心后加入无水乙醇
混合物过离心吸附柱
两次洗涤
室温晾干
RNA洗脱
2、博日SimplyP 系列RNA提取试剂盒
样本前处理
室温孵育(2分钟)
两次洗涤
室温晾干
RNA洗脱
7分钟快速提取
贴壁细胞RNA提取-荧光检测
RNA纯度和完整度判断
浓度检测:
OD260/OD280:1.8-2.2
OD260/OD230:1.5-2.2
① OD260/OD280 低于 1.8 表示有蛋白质的污染 ;
② OD260/OD230 低于 1.5 表明有明显的有机物如糖、肽、苯 酚等的污染。
电泳检测:
1、RNA电泳共3条条带,分别是28s、18s、5s。且第一条带(28s)亮度应为第二条(18s)亮度的约2倍。最下面一条带最淡,为5s条带。如果5s条带很亮,28s和18s不亮,说明RNA发生严重降解
2、除了观察电泳条带亮度以外,要关注条带拖尾现象,全泳道弥撒,则为存在杂质或者降解
不同方法提取RNA优缺点对比
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