管理会计体系的应用，是指企业已经同时应用了多项管理会计的方法进行管理，譬如企业同时采用了全面预算管理、作业成本法、标准成本法、平衡计分卡等，这些方法同时作用于企业的管理，在企业内部形成了有效运行的，完善的管理会计体系。
建立完善的管理会计体系是管理会计应用的较高阶段。然而，由于我国企业应用管理会计的整体水平不高，仅有极少数企业建立起了涵盖多种管理会计方法，有助于全面提升企业管理质量的管理会计体系。这部分企业以华润集团、神华集团、兵装集团等大型中央企业、海尔等大型民营企业集团和北汽福田等大型国有股份制企业为代表，它们较早重视并建立了现代企业制度，并积极引入管理会计的工具和方法，初步建立了涵盖多种管理会计工具方法的各具特色的管理会计体系。
譬如华润集团。1999年，华润开始在内部全面导入6S管理体系，包括利润中心编码制度、报表管理制度、预算管理制度、业务评价体系、审计体系和经理人考核体系等六大部分。
6S管理体系将华润集团及下属公司按管理会计的原则划分为多个业务相对统一的利润中心并进行专业化管理。6S以管理会计理论为基础，以全面预算为切入点，既是一个全面预算管理体系，也是一个多元化的信息管理系统。
6S体系只是华润管理改革的第一步。2003年，华润开始引入平衡记分卡来补充6S体系战略协同的不足。这一新6S管理体系，仍然是6个“S”，但基本内容与以前有了很大变化，形成了涵盖业务战略体系、全面预算管理体系、管理报告体系、内部审计体系、业绩评价体系和经理人考核体系的新6S体系。相应地，6S的定位也由预算管理和运营控制系统提升到战略管理系统。
6S体系在华润推行后，取得了显著的效果。华润集团由一个业务繁杂的多元化外贸集团蜕变为一个集团管控模式清晰的集团控股企业，出色地演绎了GE模式的中国变种。
譬如神华集团。作为全球最大的煤炭经销商，神华集团是以煤为基础，电力、铁路、港口、航运、煤制油与煤化工为一体，产运销一条龙经营的特大型能源企业。如何充分利用全产业链优势，达到运营的最佳效能？神华集团在“于财务、抓住优势、挣脱束缚、抢占空白”的思想引领下，以创新性的模型建造破解管理难题，搭建起涵盖战略目标测算、产业链业务模型化、全面预算管理和作业成本管理的四位一体的管理会计体系。
为了确定公司的战略目标，神华建立了一个战略目标的测算模型，将利益相关人的要求列为首要的考虑因素，既关注外部对象的要求，包括国资委、公众投资者、资本市场，也关注企业自身管理层的要求，确定关注对象对财务成果的要求及反馈，对企业成长、生产效率以及风险因素方面等要求，然后根据要求划分指标，再将指标一层层细化和渗透。
关于全面预算管理，神华集团提出了“价值溯源、业务求本、三位一体”的全面预算管理体系方案。所谓的“价值溯源”，是指能够从财务价值指标向业务前端的动因进行追溯；所谓“业务求本”，是指能够基于实际业务的变化，及时反映业务活动对价值创造的本源影响，而“三位一体”，则是指通过预算系统、业务模型和管理报告三个工具的配合，形成实现上述“价值溯源”和“业务求本”能力的管控载体，从而将集团的战略分解、业务追踪和信息反馈进行有机结合，使集团全产业链一体化的业务协同效应和资源整合优势得以充分发挥。
使用全产业链的模型，神华将煤炭、电力、铁路、港口这一产业链条以及主要的生产单位全部模型化，将整个产业链形象地呈现出来。然后根据后台的模型数据和表单等进行场景测试。通过建立全产业链模型，神华更多关注业务，关注各业务间的关系和协同作用的发挥。管理层可以清晰地看到企业想要达到的水平以及产能的具体安排等；同时，管理层还可以根据模式平衡与利益相关者之间的关系，并对其进行预期管理。
为了有效地对目标进行管控，确保目标的顺利实现，神华成功地践行了作业成本管理。由于企业所有的财务指标都产生于经营活动之中，而企业的各项资源也在作业环节中消耗或者产生，因此，神华建立了财务KPI指标和业务指标间的关联，并针对不同业务细分作业环节和建立了集团层面的作业活动标准库，将指标落实到作业活动中去，有效地掌控了作业活动中资源的消耗过程和金额以及不同作业所产生的成本，有效实现了财务向业务的延伸，确保了目标的实现。
通过对这一“四位一体”的管理会计体系的成功应用，神华以煤炭为基础，融煤、电、路、港、航、运、油于一体的产业链一体化的优势和协同效应得到了更为淋漓尽致的发挥。
总体而言，领先企业尽管在管理体系的内容上各有侧重和不同，但是，但凡在实践中获得成功管理会计体系都有一个共性的特点：即在管理会计体系的建设中都紧密结合企业的业务特点、管理模式和战略目标，通过在体系中模拟企业的经营过程和反映企业的管控模式，实现对企业资源和运营的有效管控，并确保企业战略目标的实现。
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