2009年至2011年，中船集团所属上海船厂船舶有限公司共接受订单39艘，由于缺乏充分论证，导致船舶建造计划严重拖期。截至2012年底，36艘船出现亏损金额共计10.18亿元。这是国家审计署公布了对中船集团2012年的财务审计报告内容的一部分。
6月20日国家审计署公布了对中国船舶工业集团公司(简称中船集团)2012年的财务审计报告，审计署审计结果表明，中船集团突出造船主业，产品结构持续优化升级，2012年度财务报表总体上比较真实反映了企业财务状况和经营成果。审计也发现，中船集团存在重大经济决策事项和内部管理不够规范，对所属单位管控能力不足等问题。
审计发现的这些主要问题包括：
(一)会计核算和财务管理存在的问题。
1.2011年至2012年，中船集团少计收入0.94亿元，少计成本费用1.19亿元，导致多计利润0.25亿元，其中2011年多计利润9.76亿元，2012年少计利润9.51亿元。
2.2012年，中船集团合并报表编制改变以往年度做法，采用上期毛利率来计算未实现内部交易收益，导致2012年多计未实现内部交易收益4814.29万元，抵销收益后当年少计利润4814.29万元。
3.2012年，中船集团在编制合并报表过程中未将其实际管辖的华联船舶有限公司的“其他应收款”余额1.54亿元作为内部往来抵销，导致合并会计报表虚增债权、债务各1.54亿元。
4.2012年，中船集团未将其间接持股80%的上海汇海船舶设备有限公司纳入合并报表范围。
5.2012年至2013年，所属中国船舶系统工程研究院通过虚列会议费、现场补助费的方式套取资金421.54万元，用于购买消费卡、接待费、会议费等支出。
(二)执行国家经济政策和企业重大经济决策中存在的问题。
执行国家经济政策和企业重大经济决策中存在的问题。
1.中船集团结构调整未达到其“十一五”规划的目标。2011年其造船、配套、修船、非船业务收入分别占主营业务收入比重为86.23%、8.82%、1.94%、3%，而规划要求至2010年应调整为分别占比72.22%、10%、6.67%、11.11%。
2.所属中船集团物资部船用物资集中采购过程中，均采用公开性和竞争性不强的询价等非公开招标方式。审计抽查2012年的23类1201份询价全部采用定向询价，涉及金额60.48亿元，占总采购额的87.81%。
3.2009年至2011年，所属上海船厂船舶有限公司共接受订单39艘，由于缺乏充分论证，导致船舶建造计划严重拖期。截至2012年底36艘船出现亏损金额共计10.18亿元。
(三)内部管理存在的问题。
1.中船集团信托理财、劳务采购、对外借款等重要管理制度不健全、不完善，未建立全面风险管理体系;所属中船财务有限责任公司和中船投资发展有限公司资本运作和资金理财程序不规范，存在未严格执行止损制度的问题。
2.2012年至2013年，中船集团本部及上海船厂有714.93万元用于购买礼品、购物卡和办公用品支出，无出入库登记和相关审批、领用手续;本部2012年公车费用超过规定限额88.50万元。
3.所属企业管控方面。
(1)所属上海船厂管理混乱，存在违规采购、废旧物资管理不规范、劳务用工混乱等问题。
(2)所属广州中船龙穴造船有限公司2011年至2012年大量使用存在质量缺陷的库存钢板，导致49个船舶分段制造产品报废，造成损失4286.20万元。
(3)所属中船工业成套物流有限公司2012年至2013年以融资性贸易方式对外出借资金40亿元。
(4)所属中船澄西船舶修造有限公司未按规定全面清退管理人员所持下属企业股权，至2013年7月底93名中层管理人员仍持有总值208.86万元的江阴市华澄实业有限公司股份。
(5)所属中船工业贸易有限公司未按规定报经中船集团批准和国资委备案，即于2008年开始实行职工年金制度并追溯缴费至2005年，2012年底年金净资产为2169万元。
(6)所属中国船舶系统工程研究院2012年招待费支出超标925万元。
据中船集团合并财务报表反映，其2012年底资产总额为1,993亿元，负债总额为1,367亿元，当年实现净利润-21亿元，资产负债率68.59%，净资产收益率-3.42%。