凝胶电泳被广泛用于分子生物学、遗传学和生物化学:
1. 大的DNA或者RNA分子通常利用琼脂糖凝胶电泳(agarose gel electrophoresis)分离,也可以使用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE);
2. 蛋白质的凝胶电泳通常在加入十二烷基硫酸钠的聚丙烯酰胺凝胶中进行(SDS-PAGE),或者非变性凝胶电泳,或二维电泳。 SDS-PAGE 蛋白质凝胶电泳图;
3. 毛细管电泳;
4. 酶谱法(zymography);
5. 变性梯度胶凝电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE);