各有关单位、科研人员及研究生：
随着生命科学、材料科学、化学工程及生物医学研究的不断深入，对分子层面机制的准确理解已成为推动科研进展的重要驱动力。分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟作为连接结构、生物过程与物质性能的核心方法，正被广泛应用于蛋白质构象研究、高分子体系分析、电解质材料设计、纳米材料界面行为解析等多个学科方向。
为提升科研人员在GROMACS分子动力学模拟方面的系统理解与应用能力，加强方法学交流与实操技术培训，推动分子模拟技术在科研与产业中的深度应用，开设 “2026分子动力学GROMACS计算培训班”，现将有关具体情况通知如下：
一、培训安排
培训主题：
分子动力学GROMACS计算培训班
主办单位：
科学指南针
授课专家：
刘建川 GROMACS研究与教学10余年经验
培训地点：
浙江杭州
培训时间：
2026年1月16日-1月18日
二、培训内容
第一天 2026年1月16日
9:00-12:00 GROMACS基础
分子模拟入门理论（对分子动力学模拟原理游刃有余）
1.基本假设
2.主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法
3.积分步长的选取
4.温度和压力控制
5.周期性边界条件
6.分子动力学模拟流程
14:00-17:00 GROMACS入门操作
GROMACS入门操作基础
1.Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令
2.GROMACS的win版、linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件
3.GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍
4.GROMACS力场介绍（深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备）：以OPLS为例，说明力场的各种参数
实例操作：编译安装GROMACS
GROMACS建模（掌握基本操作流程，使学员具有扎实的技术基础）
1.Packmol、GaussView、VMD等建模软件的使用
2.建立各种体系模型：混合模型、界面模型、球体模型等
3.小分子各种力场TOP文件的建立：itp、top的构建以及参数说明
4.建立均相、多相体系
5.如何修改力场参数
实例操作：GROMACS基本建模工具使用
17:00-18:00 上机实操巩固
上机操作（GROMACS 编译安装、基本建模工具使用）
自由交流+答疑群内提问
第二天 2026年1月17日
9:00-12:00 GROMACS建模计算
GROMACS计算实例（熟练掌握.GROMACS.计算一整套流程）
1.纯相、多相混合体系模拟计算：冰、水、甲烷、超临界二氧化碳、乙醇等极性溶剂、石油化工领域体系、聚合物分子等
2.界面模拟计算：气液界面、固液界面、油水界面、表面活性剂的界面模拟、添加虚拟墙等
3.物理场下的模拟计算：静电场、微波场、高斯脉冲场
4.石墨烯、纳米管、二氧化硅的建模模拟：掌握周期性体系建模方法
14:00-17:00 GROMACS.初级数据分析
GROMACS数据分析
1.GROMACS初级分析工具运用：径向分布函数（RDF）、离子配位数、扩散系数、介电常数
2.各种能量性质计算：各个方向密度、压力、表面张力、势能
3.氢键相关性质计算：平均氢键个数、平均氢键寿命、氢键自相关函数
4.结构分布、四面体参数
5.计算键角和二面角的分布（用make_ndx建立索引）
6.计算二维的平面或轴径向密度
7.空间分布函数的绘制
实例操作：构建各种力场参数、提取各种数据、分析
17:00-18:00 上机实操巩固
上机操作（构建各种力场参数、提取各种数据、分析）
自由交流+答疑群内提问
第三天 2026年1月18日
9:00-12:00 高级力场建立
1.使用AmberTools建立分子GAFF力场：学会使用ambertools工具、学会力场自定义构建方法
2.用量子化学方法拟合力场参数，构建属于自己体系的力场：对二面角这种重要的参数进行拟合
3.粗粒化力场的建立（可使用更大体系模拟更长的时间长度）：高分子粗粒化、蛋白膜粗粒化，可使体系达到介观尺度、模拟时间达到微秒级，更准确预测蛋白、高分子等体系的性质
4.非标准残基力场构建：实际模拟中遇到非标准残基氨基酸时，可轻松处理其力场
14:00-17:00 高级建模分析与高级数据分析
高级建模分析
1.蛋白体系、生物大分子建模仿真：掌握生物大分子建模方法
2.蛋白配体复合物建模仿真：学会处理蛋白配体itp以及合并复合物
3.表面活性剂构建和模拟：学会构建界面体系
4.生物膜构建和模拟：学会构建膜蛋白、细胞膜吞噬纳米颗粒建模模拟
5.拉伸模拟（应力应变）：学会计算材料形变的相关性质
6.不同.PH.下蛋白建模模拟：学会特定PH下体系建模和模拟
7.高分子体系建模和模拟：能够构建线性聚合物、无规共聚物、交联聚合物的建模和模拟方法
实例操作：学习构建和模拟上述体系
高级数据分析
1.GROMACS高级分析工具运用：RMSD分析、抽取性质数据、计算回转半径、计算平均结构、计算结合自由能、轨迹的处理（trajconv、g_traj，重点，为以后写代码分析提供支持）、VMD使用（查看模拟轨迹、结果分析、生成高质量发表图片）
2.分析轨迹代码编写：bash脚本、python脚本
17:00-18:00 上机实操巩固
上机操作（学习构建和模拟课程所学体系）
自由交流+答疑群内提问
三、授课专家
刘建川
· 10 余年 GROMACS 分子动力学模拟研究与教学经验
· 在 AFM、JACS、JCTC 等国际权威期刊发表多篇高水平 SCI 论文
· 开设的分子动力学GROMACS计算系列课程，被500+学员认证好评
四、培训对象
适合人群：
· 结构生物学：蛋白折叠、构象变化、膜蛋白机制
· 生物物理学：分子稳定性、相互作用、动力学机制
· 生物材料学：材料–蛋白/膜相互作用
· 纳米科学：纳米材料界面行为
· 高分子科学：聚合物结构与动力学性质
学习目标：
0 基础学员：学完能做 MD 计算
· 完整 MD 工作流
· 可直接写进开题/毕业论文的标准图表
有基础学员：学完能做复杂体系模拟与分析
· 可独立完成膜蛋白/高分子/电解质等复杂体系
· 产出 SCI 论文主图级数据
青年教师：学完能支撑高分文章与项目申请
· 能完成高级模拟（伞形采样、粗粒化等）
· 可构建创新模型解释机理，提升论文水平
五、培训形式
1. 10+年分子动力学研究与教学经验名师手把手教学：建模型、调参数、跑模拟、做分析
2. 小班教学，讲师1V1指导+全程实操上机+学员同步操作，真正做到包教包会
3. 覆盖0基础到进阶人群，可应用于蛋白、高分子、电解质、纳米材料等研究体系
4. 复现高水平期刊模拟案例：膜蛋白/高分子/电解质等
5. 课后提供完整回放视频、学习讲义、180天免费答疑服务
六、培训费用
早鸟价 2799元
原价 3299元
课后180天免费答疑
永久无限次复听权益
扫码咨询
增值优惠
组合优惠：符合以下任一情况可在早鸟特惠基础上，再享95折
·每位学员购买2门及以上计算线下课
·2人及以上学员组团报名计算线下课
机时体验：免费送5000核时机时，多种GPU资源可选
专属赠送：报名即送《模拟计算指南》一本
七、往期培训
各有关单位、科研人员及研究生：
随着生命科学、材料科学、化学工程及生物医学研究的不断深入，对分子层面机制的准确理解已成为推动科研进展的重要驱动力。分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟作为连接结构、生物过程与物质性能的核心方法，正被广泛应用于蛋白质构象研究、高分子体系分析、电解质材料设计、纳米材料界面行为解析等多个学科方向。
为提升科研人员在GROMACS分子动力学模拟方面的系统理解与应用能力，加强方法学交流与实操技术培训，推动分子模拟技术在科研与产业中的深度应用，开设 “2026分子动力学GROMACS计算培训班”，现将有关具体情况通知如下：
一、培训安排
培训主题：
分子动力学GROMACS计算培训班
主办单位：
科学指南针
授课专家：
刘建川 GROMACS研究与教学10余年经验
培训地点：
浙江杭州
培训时间：
2026年1月16日-1月18日
二、培训内容
第一天 2026年1月16日
9:00-12:00 GROMACS基础
分子模拟入门理论（对分子动力学模拟原理游刃有余）
1.基本假设
2.主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法
3.积分步长的选取
4.温度和压力控制
5.周期性边界条件
6.分子动力学模拟流程
14:00-17:00 GROMACS入门操作
GROMACS入门操作基础
1.Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令
2.GROMACS的win版、linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件
3.GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍
4.GROMACS力场介绍（深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备）：以OPLS为例，说明力场的各种参数
实例操作：编译安装GROMACS
GROMACS建模（掌握基本操作流程，使学员具有扎实的技术基础）
1.Packmol、GaussView、VMD等建模软件的使用
2.建立各种体系模型：混合模型、界面模型、球体模型等
3.小分子各种力场TOP文件的建立：itp、top的构建以及参数说明
4.建立均相、多相体系
5.如何修改力场参数
实例操作：GROMACS基本建模工具使用
17:00-18:00 上机实操巩固
上机操作（GROMACS 编译安装、基本建模工具使用）
自由交流+答疑群内提问
第二天 2026年1月17日
9:00-12:00 GROMACS建模计算
GROMACS计算实例（熟练掌握.GROMACS.计算一整套流程）
1.纯相、多相混合体系模拟计算：冰、水、甲烷、超临界二氧化碳、乙醇等极性溶剂、石油化工领域体系、聚合物分子等
2.界面模拟计算：气液界面、固液界面、油水界面、表面活性剂的界面模拟、添加虚拟墙等
3.物理场下的模拟计算：静电场、微波场、高斯脉冲场
4.石墨烯、纳米管、二氧化硅的建模模拟：掌握周期性体系建模方法
14:00-17:00 GROMACS.初级数据分析
GROMACS数据分析
1.GROMACS初级分析工具运用：径向分布函数（RDF）、离子配位数、扩散系数、介电常数
2.各种能量性质计算：各个方向密度、压力、表面张力、势能
3.氢键相关性质计算：平均氢键个数、平均氢键寿命、氢键自相关函数
4.结构分布、四面体参数
5.计算键角和二面角的分布（用make_ndx建立索引）
6.计算二维的平面或轴径向密度
7.空间分布函数的绘制
实例操作：构建各种力场参数、提取各种数据、分析
17:00-18:00 上机实操巩固
上机操作（构建各种力场参数、提取各种数据、分析）
自由交流+答疑群内提问
第三天 2026年1月18日
9:00-12:00 高级力场建立
1.使用AmberTools建立分子GAFF力场：学会使用ambertools工具、学会力场自定义构建方法
2.用量子化学方法拟合力场参数，构建属于自己体系的力场：对二面角这种重要的参数进行拟合
3.粗粒化力场的建立（可使用更大体系模拟更长的时间长度）：高分子粗粒化、蛋白膜粗粒化，可使体系达到介观尺度、模拟时间达到微秒级，更准确预测蛋白、高分子等体系的性质
4.非标准残基力场构建：实际模拟中遇到非标准残基氨基酸时，可轻松处理其力场
14:00-17:00 高级建模分析与高级数据分析
高级建模分析
1.蛋白体系、生物大分子建模仿真：掌握生物大分子建模方法
2.蛋白配体复合物建模仿真：学会处理蛋白配体itp以及合并复合物
3.表面活性剂构建和模拟：学会构建界面体系
4.生物膜构建和模拟：学会构建膜蛋白、细胞膜吞噬纳米颗粒建模模拟
5.拉伸模拟（应力应变）：学会计算材料形变的相关性质
6.不同.PH.下蛋白建模模拟：学会特定PH下体系建模和模拟
7.高分子体系建模和模拟：能够构建线性聚合物、无规共聚物、交联聚合物的建模和模拟方法
实例操作：学习构建和模拟上述体系
高级数据分析
1.GROMACS高级分析工具运用：RMSD分析、抽取性质数据、计算回转半径、计算平均结构、计算结合自由能、轨迹的处理（trajconv、g_traj，重点，为以后写代码分析提供支持）、VMD使用（查看模拟轨迹、结果分析、生成高质量发表图片）
2.分析轨迹代码编写：bash脚本、python脚本
17:00-18:00 上机实操巩固
上机操作（学习构建和模拟课程所学体系）
自由交流+答疑群内提问
三、授课专家
刘建川
· 10 余年 GROMACS 分子动力学模拟研究与教学经验
· 在 AFM、JACS、JCTC 等国际权威期刊发表多篇高水平 SCI 论文
· 开设的分子动力学GROMACS计算系列课程，被500+学员认证好评
四、培训对象
适合人群：
· 结构生物学：蛋白折叠、构象变化、膜蛋白机制
· 生物物理学：分子稳定性、相互作用、动力学机制
· 生物材料学：材料–蛋白/膜相互作用
· 纳米科学：纳米材料界面行为
· 高分子科学：聚合物结构与动力学性质
学习目标：
0 基础学员：学完能做 MD 计算
· 完整 MD 工作流
· 可直接写进开题/毕业论文的标准图表
有基础学员：学完能做复杂体系模拟与分析
· 可独立完成膜蛋白/高分子/电解质等复杂体系
· 产出 SCI 论文主图级数据
青年教师：学完能支撑高分文章与项目申请
· 能完成高级模拟（伞形采样、粗粒化等）
· 可构建创新模型解释机理，提升论文水平
五、培训形式
1. 10+年分子动力学研究与教学经验名师手把手教学：建模型、调参数、跑模拟、做分析
2. 小班教学，讲师1V1指导+全程实操上机+学员同步操作，真正做到包教包会
3. 覆盖0基础到进阶人群，可应用于蛋白、高分子、电解质、纳米材料等研究体系
4. 复现高水平期刊模拟案例：膜蛋白/高分子/电解质等
5. 课后提供完整回放视频、学习讲义、180天免费答疑服务
六、培训费用
早鸟价 2799元
原价 3299元
课后180天免费答疑
永久无限次复听权益
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增值优惠
组合优惠：符合以下任一情况可在早鸟特惠基础上，再享95折
·每位学员购买2门及以上计算线下课
·2人及以上学员组团报名计算线下课
机时体验：免费送5000核时机时，多种GPU资源可选
专属赠送：报名即送《模拟计算指南》一本
七、往期培训