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美爆了的论文图片被导师点赞、师兄也来取经,竟是因为用了这个绘图工具?

美爆了的论文图片被导师点赞、师兄也来取经,竟是因为用了这个绘图工具? 木木西里
2020-06-30
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导读:绝对生信绘图外挂神器!

 不会代码又想做生信的同学快举手,无比神奇的生信绘图工具来了。

为什么说这个工具神奇,因为它不用敲代码,画出的图颜值高,功能也很全面,上手超简单。

对于无代码派来说简直就是生信绘图外挂神器,用它作图导师都能被美哭、立马对你刮目相看!

01

ImageGP

网址:

http://www.ehbio.com/ImageGP/

ImageGP上能画的图可真多!

线图,GO富集泡泡图,热图,箱线图,散点图,柱状图,火山图,曼哈顿图,直方图,韦恩图,密度图,桑基图,PiCrust,UpsetView,PCA,PCoA, CPCoA,LEfSe,Bugbase,FAPROTAX。

出图效果咋样呢?

画出来的图是不是有点怪啊!怪好看的!

自己敲了半天R语言代码,或者美工了半天,效果都不一定有这么好。

02

使用步骤

使用起来也简单的很,轻松几步就能搞定。

导入数据,选择参数,“PLOT”出图。(当然,更简单的我不告诉你:点一下Demo就好)

数据导入:

目前imageGP只能通过Ctrl C+V的形式粘贴数据,并且要特别注意导入的数据是长表格还是宽表格;每一图的文件数据必须是由制表符(tab键,在ESC下面)分隔的内容,并且一定要注意是否需要标题行,列名字不能以数字开头,除数字、字母、下划线外不能有空格等其他字符,暂时还不支持中文。

选择参数:用说

除了PiCrust,LEfSe,Bugbase和FAPROTAX(可参照示例数据使用),其他的每种绘图页面的最上端都有一个使用示例的图示,右边展示的是结果,左边是制作结果的导入数据和参数设置,刚开始使用时可以参照模仿,确定熟悉自己的数据再调换参数。

说了这么多,回到大家最想看的步骤,看到底是不是超简单,今天给大家介绍几个图的作图步骤。

03

画几个图举例

1、Boxplot

Boxplot常见于肿瘤研究的文章中,比如你找了个基因,PCR在肿瘤样本中验证基因表达差异性,在展示结果的时候你就需要用到这个图。

没画过这个图的小伙伴是不是觉得难啊,在这里就简单了。

输入Group和Expr两列数据即可,再把题注什么的标识好就OK了。

在这里我们可以轻松切换表现形式,violin plot和jitter plot,以及各种组合。

Jitter plot

Violin plot

2、Scatter plot

这个图常见于测序或者芯片结果的一个展示,用于评估数据总体分布集中趋势,比如下面这张图(X轴为基因在对照组中的表达,Y轴为基因在实验组中的表达)

随便编了一个数据进行演示,Color定义颜色分组(直接按复制了Expr列数据,这样颜色随Expr渐变),colorlist选择Rainbow,这样起到一个渐变的效果,其它的参数默认。

然后图就出来了~

3、VennDiagram

大家都熟悉的Venn图,目前网站只支持5个集合。

04

教程与问题

举例就到这里结束,如果还是不太会的可以看看网站上功能区的左下角有FAQ和教程Manuals。

FAQ:

整理了最常见的问题,有问题最好先看看这里。

Manuals:

目前已整理出了数据格式简介,线图、GO富集分析图、热图的使用解读,其它的教程会逐步上线到网站。

总而言之只要你搞清楚自己的数据需要出什么图以及参数如何设置就能快速出图,不懂代码的同学,用它就对了!

(数据来源:网络

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