第一，根据《中华人民共和国政府和马来西亚政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》第二十三条消除双重征税方法，第一款之规定：“一、 在中国，消除双重征税如下：（一） 中国居民从马来西亚取得的所得，按照本协定规定缴纳的马来西亚税收数额，可以在对该居民征收的中国税收中抵免。但是，抵免额不应超过对该项所得按照中国税法和规章计算的中国税收数额……”也就是说，如果该员工在马来西亚就其在马工作期间取得的所得所缴纳的税款，超过了其就同一笔所得在中国计算应缴纳的个人所得税额，那么他在中国就这部分所得不需要再补缴个人所得税。但如果马来西亚的已缴税额低于中国的应纳税额，则只需在中国补缴差额部分。
第二，关于EPF、SOCSO问题：
1、EPF (雇员公积金)：性质上属于强制储蓄，是员工福利的一部分，未来可以取出。它不属于所得税，因此在计算税收抵免时不能作为已缴纳的税款进行抵扣。
2、SOCSO (社会保险机构)：性质上是社会保险（类似于中国的工伤保险等）。它也不属于所得税，因此同样不能用于税收抵免。
故，能够用于在中国进行抵免的，仅仅是该员工在马来西亚就这50万总薪酬中马来发放部分所缴纳的个人所得税，EPF和SOCSO的缴纳额不能抵免。
第三，关于申请操作流程：
1、在次年的3月1日至6月30日期间，通过“个人所得税”APP或自然人电子税务局网站办理上一年度的个人所得税综合所得汇算清缴。
2、将该员工的全球收入（包括中国发放和马来西亚发放的薪酬，总计50万）合并计入中国的综合所得。按照中国的税率表计算出全年应缴纳的总个人所得税。专门计算出其马来西亚来源所得（即马来公司发放的薪酬部分）在中国应缴纳的税额。
3、在汇算清缴的申报界面中，找到“境外所得”或“税收抵免”相关栏目。如实申报来自马来西亚的所得金额（需换算为人民币）。填写已在马来西亚缴纳的个人所得税额（需换算为人民币）。
在根据前述步骤进行申报时，必须提供由马来西亚税务机关开具的官方证明文件。
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来源：贸法通