第一代生物燃料采用传统技术由糖、淀粉、植物油或动物脂肪等食物原料制成。常见的第一代生物燃料包括植物油、生物醇、沼气、固体生物燃料。
第二代生物燃料由非粮食作物生产,例如纤维素生物燃料和废弃生物质(小麦和玉米的秸秆以及木材)。常见的第二代生物燃料包括植物油、生物柴油、生物醇、沼气、固体生物燃料和合成气。第二代生物燃料的研究仍在继续,包括生物氢、生物甲醇、DMF、Bio-DME、费托柴油、生物氢柴油、混合醇和木材柴油。
第三代生物燃料是通过提取藻类油(油藻)生产的。
目前在航运业内广泛应用的生物燃料为第二代生物燃料。


