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事实案源：（2024）辽1081行初214号：翁某作为辽阳县某矿业有限公司实际控制人，在2019年3月通过吕某、陈某乙名义签订股权转让协议，将公司股权以4450万元转让给牛某、王某乙。税务机关认定翁某为实际纳税人，因扣缴义务人未履行义务，稽查局作出税务处理决定追缴税款，复议维持后翁某提起诉讼，一二审均败诉。
本案中，需关注几个问题：
一、翁某是否应被认定为股权转让的纳税义务人？
二、税务机关应向扣缴义务人牛某、王某追缴税款是否合法？
三、税务机关以4450万元作为计税基数是否合理，是否应扣除股权原值及合理费用？
第一，对于纳税义务人的认定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的人为扣缴义务人。翁某作为该矿业公司的实际控制人，其取得与股权转让相关的实际利益所得，负有个人所得税纳税义务。而股权受让方牛某、王某作为实际支付所得的一方，负有个人所得税代扣代缴义务。
其中，案涉股权转让协议中约定：“因本次股权交易产生的税费由乙方承担，甲方股权交易价款为净得数额”，该约定是否能够作为翁某免除本次纳税义务的抗辩依据？显然，不能。该协议属于民事合同约定且案中约谈时二人均表示没有履行且不能履行扣缴义务，那么税务机关是有权向纳税义务人翁某和扣缴义务人（牛某和王某）追缴税款和罚款的。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条第五款，财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。因此，个人转让股权时，应以股权转让收入减去股权原值和合理费用后的余额作为应纳税所得额，但在检查期间需主动提出有其他费用支出及股权转让价格的事实证明材料。
