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从核磁共振到模型:基于 Wolfram 语言的计算机模拟医学

从核磁共振到模型:基于 Wolfram 语言的计算机模拟医学 WOLFRAM
2025-11-18
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导读:计算机模拟医学正重塑医疗未来!借助有限元分析,Wolfram语言可构建患者特异性肌肉骨骼模型,精准模拟生物力学行为。这一技术无需侵入性操作,即可预测手术、假体植入等干预措施的个体化效果,为个性化治疗与
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本文译自

https://blog.wolfram.com/2025/10/07/from-mri-to-model-in-silico-medicine-with-wolfram-language/

计算机模拟医学——特别是通过有限元模拟的应用——正在彻底改变针对患者个体特征的医疗实践,尤其在肌肉骨骼系统领域。通过构建个体解剖结构的精细计算模型,有限元分析能够精准模拟不同条件下的生物力学行为。这种方法为个性化治疗策略提供了可能,能够预测特定干预措施(如外科手术、假体植入或康复计划)对患者肌肉骨骼健康的潜在影响。与传统的体内或体外实验不同,计算机模拟医学是指在处理器内部重建实验环境的仿真技术。





模拟不同条件下的生物力学行为 >>

https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-48284-7


"计算机模拟" (silico) 这一术语源自计算机的核心组件:由硅材料制造的处理器。借助有限元模拟等仿真技术,我们能够通过非侵入性、高性价比且精细入微的方法,探索肌腱、关节与骨骼等结构内部的复杂相互作用,从而减少对侵入性操作和物理测试的依赖。这一创新正为开发更高效、个性化的治疗方案及深化对生物力学健康的理解开辟道路。


在本案例中,我们将深入演示对肌腱结构进行有限元单轴测试的实验过程。基于医学影像生成的几何结构,充分展现了针对特定患者的分析结果。为简化流程,我们将从 Wolfram 语言的内置解剖数据库着手:






Wolfram 语言 >>

https://www.wolfram.com/language/index.php.en

解剖数据库 >>

https://reference.wolfram.com/language/ref/AnatomyData.html


流程始于几何分析,该方法兼容临床诊断成像技术常用的 STL 格式网格与容积图像。随后,我们将为肌腱结构设定材料属性,并通过模拟单轴拉伸试验场景,重点分析其力学行为。这一流程展示了将患者特异性数据整合至生物力学仿真的完整工作路径。


01


跟腱与虚拟患者

跟腱作为人体最强壮、最粗大的肌腱,连接小腿腓肠肌、比目鱼肌与跟骨。它在实现足部跖屈动作中起着至关重要的作用,这一运动对行走、奔跑和跳跃等动作不可或缺。该肌腱在高冲击活动(如奔跑或跳跃)中可承受高达体重 12.5 倍的拉伸负荷,其弹性模量范围为 1.2 至 2.0 GPa,使其能高效储存与释放能量。通常情况下,跟腱在断裂前可承受 8% 至 10% 的应变





跟腱在断裂前可承受 8% 至 10% 的应变 >>

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10356630/


跟腱易因过度使用、急性创伤及年龄相关性退化而发生病变。慢性过度使用常导致跟腱病变,其特征是由于重复性微创伤引发的疼痛、肿胀及功能受损。运动中的突然发力动作可能引发肌腱断裂,尤其在肌腱弹性减退的中年龄段人群更为常见。止点性腱炎(肌腱附着于跟骨处的炎症)是另一常见问题,Haglund 畸形或不当鞋具等生物力学应激因素会加剧该病症。年龄增长会进一步降低肌腱弹性,增加微撕裂和断裂的风险,而过度负荷与生物力学失衡(如过度内旋)会导致应力分布不均,从而提升损伤概率。


在此背景下,计算机模拟医学在临床实践中发挥着关键作用。通过使用为患者个体定制的计算模型,临床医生能够模拟跟腱在不同条件下的生物力学行为。这种方法可以预测损伤风险、优化治疗策略并设计个性化康复方案,同时减少对侵入性操作的依赖。将计算机模拟方法整合到临床实践中,显著提升了我们应对跟腱病变复杂挑战的能力,从而改善患者预后。


以下示例按多个章节展开:首先在"成像"章节中,通过若干解剖标记点将医学图像转化为患者的虚拟表征;随后将图像转换为适用于有限元分析的网格结构;最终通过多次有限元分析,研究力学行为趋势及病理影响。



02


成像

针对患者个体进行生物力学评估的标准方法始于医学影像采集:



虽然处理各种医学图像格式超出了本文的范围,但所有格式都可以转换为灰度体积图像,在其中可以设置特定的阈值以突出相关的组织区域。为了提供一个具有广泛适用性的示例,我们将从 Wolfram 语言中解剖结构实体的 AnatomyData 的肌腱形态开始。



该图像展示了肌腱的体积渲染效果,其形态与 CT 或 MRI 等医学扫描图像高度相似。


接下来,我们可以将此体积数据转换为适用于有限元分析的网格模型。关键在于生成既能保证计算精度又兼顾计算效率的网格,在细节呈现与单元数量之间取得最佳平衡。


为了实现这一点,我们可以使用 ImageMesh 函数,并采用不同的方法。然而,在所有情况下,生成的网格都会保留与原始体积图像分辨率相关的特征。在将来自医疗设备的临床图像转换为适合数值计算的数字模型时,这是一个常见的挑战:






ImageMesh >>ImageMeshhttp://reference.wolfram.com/language/ref/ImageMesh.html


更有效的解决方案是从节点结构层面对网格进行分析。这些分布在肌腱表面的标记点,可通过平滑算法进行优化、采用替代性网格划分技术,或根据肌腱形态特征运用曲面放样方法,以构建更具结构化的模型。


解剖标记点


在此阶段,我们可以清晰识别同一高度存在的多条轮廓线,这些轮廓线可用于构建放样曲面:



该方法包含以下关键步骤:


  1. 确定切片数量:沿肌腱高度方向建立均匀分布的横截面。


  2. 提取切片坐标点:在每个对应高度截面上采集所有边界点集。


  3. 生成轮廓曲线:通过插值算法为每个切片点集构建连续轮廓线。


  4. 构建放样曲面:将序列化轮廓线连接形成光滑三维放样曲面。


此方法可构建结构化的优化曲面表征,在保持解剖形态保真度的同时,有效提升最终网格的精度与光顺度。


为便于后续操作,我们首先对肌腱进行空间旋转,使其与更直观的坐标系对齐:



从成像到计算网格


在进行放样操作前,我们需要对数据进行预处理。首先确保每个切片都沿放样方向(x坐标轴)精确对齐:



第二步需要确保每个切片构成闭合回路,所有节点按顺序排列以维持一致的结构体系:



当前我们需要提取精简点集以简化最终网格,同时保持示例的典型性。为此,我们将选取少量标记点,构建相对简化但仍保持结构特征的几何表征。


  1. 此外,必须确保所有切片上的提取点具有空间对齐性。具体步骤如下:


  2. 以首组切片为基准,按照均匀角度分布选取标记点。


  3. 将切片平移至坐标原点,便于实现精准对齐并确保数据一致性。


  4. 通过动态可视化组件交互式检查并优化选点方案。


该方法在有效降低计算复杂度的同时,能够很好地保持几何结构的一致性:



这样,我们就可以提取相对于第一个切片对齐的点:



现在,我们有两组线条形成一个覆盖肌腱的网格。这个结构化的表示可以用于通过 OpenCascade 生成网格,从而确保表面重建具有明确且光滑的特性:






OpenCascade >>

https://reference.wolfram.com/language/OpenCascadeLink/tutorial/OpenCascadeLinkOverview.html?view=all


接下来需要确保每条轮廓线均形成闭合回路,以维持整体结构的连续性与一致性。此步骤对生成规整的表面网格至关重要:



接下来通过 OpenCascadeShapeLoft 生成放样曲面:



最终将放样曲面转化为适用于有限元分析的实体四面体网格。此步骤将结构化放样体转换为密封的三维模型,为后续精确的生物力学仿真与结构评估奠定基础:




03


有限元分析


我们通过模拟肌腱的机械拉伸来计算材料内部的应力和应变分布。在此场景中,肌腱一端固定,另一端施加载荷。从生理学角度看,肌腱可承受超过体重 10 倍的作用力。


结构有限元分析(FEA)的框架利用了 SolidMechanicsPDEComponent,其在 Solid Mechanics专著 中有详细描述。现在我们提取两个边界侧的坐标以及载荷方向,可以合理假设为与肌腱主轴方向一致:






SolidMechanicsPDEComponent>>

https://reference.wolfram.com/language/ref/SolidMechanicsPDEComponent.html

Solid Mechanics 专著>>

https://reference.wolfram.com/language/PDEModels/tutorial/StructuralMechanics/SolidMechanics.html


肌腱的典型载荷场景是沿其纵向施加拉伸载荷,这可以通过固定某一端并拉伸另一端来实现。


肌腱具有较高的刚度,常采用剪切模量通常在0.1-1 GPa范围内的 Neo-Hookean 超弹性模型来进行建模:






Neo-Hookean 超弹性模型 >>https://doi.org/10.1016/j.jmbbm.2016.04.007


该力学问题可便捷地通过 SolidMechanicsPDEComponent 函数进行建模。考虑到问题涉及高度非线性和大应变,我们建立一个依赖于载荷系数 k(取值范围 0 到 1)的参数化求解器。通过逐步增加施加载荷,可确保在求解过程中获得更优的收敛性:



为了最小化问题的非线性,可以将参数化求解器配置为逐步增加载荷。该方法在超弹性专论






超弹性专论E >>https://reference.wolfram.com/language/PDEModels/tutorial/StructuralMechanics/Hyperelasticity.html


如下图所示,肌腱沿其主方向被拉伸,表现出最高可达 200% 的伸长比位移:



该图展示了施加载荷后的最终变形形态。灰色几何体表示未变形的肌腱,而彩色标注的变形几何体则根据等效应变进行渲染\[LongDash]\[LongDash]中央区域应变值最高,并向边界逐渐递减:


最大拉伸量为样本量的 2.02335 倍


但在病理状态下会发生什么变化?当结构完整性受损时,力学响应将如何改变?


在探究病理状况之前,必须考虑肌腱具有高度横向各向异性的特性——其中沿载荷方向排列的胶原纤维(占肌腱结构的 80%)对承重起着关键作用。


通常,这种胶原纤维网络的刚度可达周围基质的 20 倍。该基质由弹性蛋白、软骨、蛋白聚糖、无机成分及其他细胞外基质组成。这种强烈的各向异性行为对肌腱的力学响应和载荷分布至关重要:



肌腱主要由高度有序的 I 型胶原纤维构成,这些纤维沿载荷方向规则排列。这种纤维增强结构使肌腱能够高效地将肌肉产生的力传递至骨骼,并在剧烈运动时承受超过体重 10 倍的高机械负荷。


胶原基质与蛋白聚糖、弹性蛋白及其他细胞外成分协同作用,赋予肌腱独特的黏弹性行为,使其能高效储存和释放能量。在肌腱病变等病理状态下,胶原降解和结构紊乱会导致力学性能衰退,从而增加损伤或断裂风险: 



几何简化


在进一步研究胶原纤维的影响之前,让我们简化几何结构以提高计算效率。我们可以通过从三维模型中截取一个横截面来获得肌腱的二维表示:



该图显示了肌腱的三维结构,并用一个方框突出显示了其下半部分。这样的设置便于进行精确的中截面切片,从而更清晰地观察内部结构:



需注意,这些交点分布并不均匀,这可能影响网格质量。为确保获得最优网格,我们需要剔除间距过近的节点,从而避免产生过小的网格单元并提升数值稳定性:



在网格划分前,建议对点进行标准化处理。具体而言,通过设置阈值可过滤掉邻近点,从而确保生成更高质量的网格:



为了更好地施加拉力,我们考虑一个一般的单轴拉伸实验,其中受拉的一侧被固定在刚性支座上(即,与肌腱相比具有显著更高刚度的材料)。这种设置确保了明确定义的边界条件,模拟了真实的加载情况。从几何上看,这可以被视为一个三角形。因此,我们可以对该几何体进行网格划分:



因此,我们得到了一个质量很好的平面网格。网格由两个不同的区域组成:肌腱(红色)和拉力夹(灰色),每个区域都具有不同的材料属性。


04


胶原纤维的影响

肌腱可以被视为纤维增强材料,其中主要承载负荷的成分是纤维,它们相比周围的基质表现出显著更高的刚度






相比周围的基质表现出显著更高的刚度 >>

https://doi.org/10.1007/s10237-016-0774-5


该图展示了按第一主应力着色的变形网格。可以观察到,应力在中央底部区域尤为集中,并向两端逐渐递减。这种分布特征既受中心区域厚度减薄的影响,也与底部较高曲率相关\[LongDash]\[LongDash]该区域在水平拉伸载荷下会承受显著的机械应力。


05


病理状态与胶原损伤


从力学角度分析,肌腱病变通常表现为胶原纤维(主要承重组分)传递载荷的能力下降。这种退化可能导致如肌腱病、肌腱炎甚至断裂等情况,具体取决于损伤的严重程度,相关研究详见 Arya and Kulig, 2010、Yin 等,2021 以及 Freedman 等,2014






Arya and Kulig, 2010、Yin 等,2021 >>

https://journals.physiology.org/doi/full/10.1152/japplphysiol.00259.2009

Yin 等 >>

https://elifesciences.org/articles/63204

Freedman 等,2014 >>

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25332943/


从数学角度来看,这可以表示为肌腱特定区域内机械性能的局部变化。这可能包括刚度、弹性或失效阈值的变化,从而影响肌腱整体承载负荷的能力:



如前所述,由于纤维分布广泛且刚度显著更高(可高达其他成分的 20 倍),它们在决定肌腱的刚度和承载能力方面起着关键作用。现在,让我们使用简化的二维网格来研究它们对肌腱力学行为的影响:



该图展示了肌腱未变形的平面截面以及纤维分布,纤维主要沿纵向排列。彩虹色表示损伤特性,其中最高浓度(红色)位于中心底部区域。这与力学性能的降低直接相关,影响到肌腱的结构完整性:



从位移场中可以清晰观察到病理性纤维的松弛现象,受拉伸侧呈现出明显的旋转特征。但这种变化对应变和应力分布会产生何种影响?


应力与应变对评估损伤风险和炎症发展具有关键影响,因此分析其分布状态对于理解肌腱病变的力学机制至关重要:



该图示说明,由于病理变化,底部区域的应力显著更高。另外,右侧的最终变形相比健康情况更加明显。此外,它还可以直接比较健康与病理情况下的应力分布,突出病变对肌腱力学行为的影响:



如图所示,上部区域应力呈现小幅上升,而底部应力则略有降低。值得注意的是,受损区域周边也出现应力增长。这些力学变化值得深入研究,特别是关于其与病理发展之间的关联机制。


想了解技术细节吗?您可以在 PDEModels 概述参考页面上找到所有与 FEM 和结构建模相关的信息。





PDEModels 概述参考页面 >>https://reference.wolfram.com/language/PDEModels/tutorial/PDEModelsOverview.html


至于更深入的力学分析——敬请期待我们的后续研究成果!



BML 的参考文献


  1. Viceconti, M., & Emili, L. - Toward good simulation practice: Best practices for the use of computational modelling and simulation in the regulatory process of biomedical products. Cham: Springer Nature Switzerland. https://doi.org/10.1007/978-3-031-48284-7


  2. Gray, Henry. 2015. Gray's Anatomy: With Original Illustrations by Henry Carter. London, England: Arcturus Publishing Ltd.


  3. Khayyeri H., Longo G., Gustafsson A., Isaksson H. - Comparison of structural anisotropic soft tissue models for simulating Achilles tendon tensile behaviour. Journal of the Mechanical Behavior of Biomedical Materials, Vol 61, 2016, https://doi.org/10.1016/j.jmbbm.2016.04.007.


  4. Bajuri, M.N., Isaksson, H., Eliasson, P. et al. A hyperelastic fibre-reinforced continuum model of healing tendons with distributed collagen fibre orientations. Biomech Model Mechanobiol 15, 1457\[Dash]1466 (2016). https://doi.org/10.1007/s10237-016-0774-5


  5. Shruti A., Kornelia K. - Tendinopathy alters mechanical and material properties of the Achilles tendon - Journal of Applied Physiology 2010 108:3, 670-675 https://doi.org/10.1152/japplphysiol.00259.2009 


  6. Freedman BR, Gordon JA, Soslowsky LJ. The Achilles tendon: fundamental properties and mechanisms governing healing. Muscles Ligaments Tendons J. 2014 Jul 14;4(2):245-55. PMID: 25332943; PMCID: PMC4187594.


  7. Nai-Hao Yin Paul Fromme Ian McCarthy Helen L Birch (2021) Individual variation in Achilles tendon morphology and geometry changes susceptibility to injury. https://doi.org/10.7554/eLife.63204 


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 END 




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Wolfram语言涵盖几何分析、高性能科学计算、机器学习、图像处理、数据分析、人工智能等高科技领域;Wolfram产品(Mathematica, SystemModeler,WA等)是世界500强、世界顶级大学以及中小学必备的软件工具。
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