一、简介
R-loop作为一种特殊的三链核酸结构，广泛存在于多种生物体的基因组中。它不仅参与诸多生命活动进程，更在调控基因组稳定性方面发挥着重要作用。然而，当前大多数R-loop检测手段仍需依赖超声波或酶消化法在体外片段化DNA，再通过免疫共沉淀技术进行捕获。这类实验流程不仅操作繁琐，还可能破坏R-loop结构，最终影响数据的真实性与分辨率。
二、技术原理
数谱生物 R-loop Cut&Tag服务使用Arraystar公司开发的Arraystar R-loop CUT&Tag Library Prep Kit试剂盒进行建库，保证了实验的高质量和高效率。Arraystar R-loop CUT&Tag 技术利用了预组装的转座体复合物，该复合物包含超活性Tn5转座酶与蛋白A的融合体以及转座子，靶向结合S9.6抗体标记的R-loop结构，并在R-loop位点实现靶向剪切与标记。此创新技术极大简化了R-loop测序文库制备流程，具有样本需求量低、实验操作简便、结果产出快速精准的显著优势。
图1. Arraystar R-loop CUT&Tag建库试剂盒通过S9.6抗体介导，利用转座酶-蛋白A融合体靶向识别R-loop结构，并进行原位剪切与标记。
样本需求：细胞数目 > 5x105个；组织 > 200mg。
物种：有基因组信息。
三、实验流程
1．细胞准备：将组织或细胞样品制成细胞悬液并检查细胞活力；
2．R-loop结合一抗S9.6；
3．S9.6结合二抗；
4．ProteinA-Tn5融合蛋白结合并片段化DNA，同时加接头；
5．纯化DNA片段，构建文库；
6．上机测序，进行数据分析；
7．提供结果报告。
四、技术优势
广泛兼容性： 与传统方法使用的ConA磁珠相比，Arraystar试剂盒通过离心收集细胞，适用于更多样本类型（例如大多数细胞类型或冷冻组织），并且细胞活性更高（>85%）。
原位保真性： 实现体内真实R-loop检测，显著降低实验过程中的结构丢失
操作便捷性： 无需复杂流程与试剂制备，操作简便
数据可靠性： 高信噪比与TSS富集信号，获得稳定可靠数据
五、测序结果展示
1. R-loop Cut&tag富集peak检出结果表格
2.R-loop Cut&tag鉴定到的差异peak表格
3.R-loop在标准转录单元中的peak分布
4.基因组浏览器视图中的R-loop CUT-Tag tracks.
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