2014年年底，英国《自然》杂志相继发布了2014年度《全球自然指数》和《2014自然指数中国增刊》，对于2013年度全球范围的科研机构及我国科研机构的科研情况进行了衡量和比较。中国的“全球自然指数”排名世界第二位，上海三所高校——复旦大学、上海交通大学和华东师范大学入围《自然》全球科研机构前200名。
2014全球自然指数：中国第二，上海三高校排名前200
此次，《自然》杂志首次以全新的 “加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布2014全球自然指数。根据这一新方法的计算，中国成为仅次于美国的世界第二大科研产出国家。2013年，中国的WFC值达到了5206，比上一年上升14.9%。同时，中国在国际上发表的高质量科学论文数为7637篇，仅次于美国（27355）和德国（8669），位居世界第三，占全球14%以上，而在20世纪80年代这一比例不足1%。此外，在全球前200名科研机构中，中国科学院的自然指数位列第一，同时还有20所中国大学（含台湾和香港）入围，其中包括上海的三所高校——复旦大学、上海交通大学和华东师范大学，在全国排名分别是第6名、第11名和第18名，世界排名分别是第74名、第109名和第188名。
2014中国自然指数：上海第二，生命科学领先
根据“2014中国自然指数”，上海地区2013年度共发表1646篇高质量科学论文，WFC值为712，仅次于北京位居全国第二。该年度，上海在研究领域的经费投入达到120亿美元（占本市GDP的3.4%），同时签署了9274份技术转让协议，其中86%属于电子数据服务、生物医药和先进材料范畴。同时，上海近三分之一的科研产出来自于生命科学领域，这一比例高于全国平均水平。
高校、科研机构为上海科研产齐出力
对上海科研产出有着主要贡献的前七位机构依次是复旦大学、中科院上海有机化学研究所、上海交通大学、华东师范大学、华东理工大学、中科院上海生命科学研究院、同济大学。其中，居于首位的复旦大学2013年共发表了255篇高质量论文，WFC值为129，其最强的学科是化学，尤其在材料化学领域；中科院上海有机所的WFC值为106，在中科院系统内排名第二；上海交通大学的研究领域很宽，涉及化学、物理科学和生命科学，发表247篇高质量论文，是上海研究机构中国际合作最为踊跃的一家，WFC值为96；华东师范大学发表了123篇高质量论文，WFC值为66，其中63%的分值来自化学期刊，表明其科研优势较集中于化学学科；华东理工大学共发表95篇高质量论文，WFC值为57，由于其在化学学科领域的论文收录集中度更高，因此在化学领域的WFC排名在华东师范大学之前；上海生科院发表111篇论文，WFC值为49，其在《自然》与《科学》两大杂志发表论文8篇，分获的WFC值3.8是中科院各单位中得分最高的机构，这一指标同时排名全国第三；同济大学发表高质量论文86篇，WFC值为40，其在《自然》和《科学》杂志上发表的论文占总高质量论文数的比例在上海所有研究机构中排名第一，2013年在这两大权威期刊上共发表了5篇论文，因此而获得的WFC分值占其总分值的2.8%。
