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往期回顾:
在生物信息学分析中，你会频繁接触到命令行工具：从读写 FASTQ/FASTA，到比对（bwa/minimap2）、格式转换与统计（samtools/bcftools）、质控（fastqc）等。
Man命令
man 命令是 manual 的缩写，用于查看系统中自带的各种参考手册。
man <命令名># 例如man cdman grep#我们甚至可以man man
man页面后，它以 less（一个Linux显示文本的工具）方式显示，常用按键：
-
Space/PgDn下翻页；b/PgUp上翻页 -
按键盘上的 /查找，n下一个，N上一个 -
g跳到开头；G跳到末尾；q退出
例如我们运行 man man
手册章节
man 1 grep
man 5 crontab
man 7 regex
你可以使用whatis查看你想知道的名词有什么章节，结合man -k使用更好。
“我不知道命令叫什么”——man -k
示例
当我们想统计统计 FASTQ 中以 “@” 开头的 read 头行数量的时候，我们可以用grep命令。假设我们不知道grep怎么用可以运行man grep（关于grep命令的作用和实战，我们以后会重点讲解。）
/键搜索“count”
我们可以grep -c计数，如果不知道正则表达式，参阅man 7 regex
grep -c '^@' reads.fastq
有些精简的Linux系统会删除掉系统自带的 man 手册，这种情况常见于 Docker 容器（例如 JupyterHub / Bioinformatics 环境镜像），服务器集群， Ubuntu Cloud / WSL 环境。如果你在精简的Linux系统上运行man，会得到如下输出：
This system has been minimized by removing packages and content that arenot required on a system that users do not log into.To restore this content, including manpages, you can run the 'unminimize'command. You will still need to ensure the 'man-db' package is installed.
help
Help命令
help适用于 Bash 内建（builtin） 命令，如cd、echo、history、jobs、getopts 等。
help # 列出所有内建help cdhelp echohelp getopts # 解析命令行参数的内建，在写小脚本时常用
help -m cd | less使用管道符用less打开。
Help选项
samtools --help #或者 -hsamtools view --helpbcftools --help
练习题
-
用 man打开grep的手册，找到用于忽略大小写和只输出匹配部分的选项各是什么？ -
用 help查看cd的帮助，并说出如何切换到上一目录。 -
用 man -k找出与 “压缩/解压” 相关的三个命令名称。 -
查 samtools view --help：如何仅输出 BAM 头部？
以上就是这一期的 Linux101 的全部内容啦，练习题的答案在下一期的 Linux101哦！
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