百合目（约10科64属1500种）是重要的食用、药用和观赏植物类群，但其基因组巨大（1.5-147Gb）且内含子特别长，分析难度大。目前虽然有通用植物数据库，但缺乏针对百合目的专用平台，阻碍了该领域的功能基因组学和分子育种研究。
凌恩生物客户南京农业大学研究团队在《Horticulture Research》上发表了题为“LGD: a comprehensive online database of Liliales based on multi-omics data”的研究成果，正式推出了百合目综合基因组数据库LGD，整合了多组学数据与生物信息学工具，旨在解决该类植物大基因组分析难题，助力基础研究与遗传育种。
其中，上海凌恩提供数据库的搭建和百合目基因组测序及分析服务。
1
数据库链接
https://lgd.njau.edu.cn
网站首页
2
数据库概览
基因组数据
整合8个物种的参考基因组（4个百合科、1个秋水仙科、3个黑药花科），总数据量117.43 Gb；基于KEGG、GO、NR、KOG/COG、SwissProt五大功能数据库，注释得到510,601个蛋白编码基因。
转录组数据
累计0.82 Tb 数据，涵盖619个样本、45个研究项目、13种组织类型，包含百合不同生长发育阶段、胁迫处理和激素响应下的表达谱，配套交互式转录组图谱模块实现基因表达可视化。
叶绿体基因组数据
整合NCBI数据库102个完整叶绿体基因组，序列长度138,861 bp（开放百合）至153,164 bp（紫斑百合），均为典型四分体结构（长单拷贝区+短单拷贝区+两个反向重复区）。
3
主要功能模块
Home
|
数据库概览、核心功能入口及使用指南
|
Genome Sequence Archives
|
支持基因浏览、搜索、启动子提取、JBrowse可视化
|
Transcriptomic Atlas
|
分为组织表达和转录组表达两部分，
展示基因在13种器官中的表达谱，支持多条件检索
|
Comparative Genomic
|
分析任意两个基因组间的共线性和同义区块
|
Chloroplast
|
展示102个叶绿体基因组的结构和注释信息
|
Download
|
提供基因组、注释文件等下载（FASTA、GFF3格式）
|
Blast
|
支持核苷酸/蛋白序列比对
|
Tools
|
引物设计、共表达网络分析、GO/KEGG富集分析等
|
图 LGD的主要界面及内部功能概述
LGD是一个针对百合目量身定制的多组学数据库，集成了基因组、转录组、叶绿体基因组数据与多种分析工具，填补了该领域专用数据平台的空白，为百合目的功能基因组学、遗传育种和基因组进化研究提供数据基础和技术平台，推动分子育种发展。
参考文献
Sujuan Xu, Tian Zhang, Hanhan Feng, Ze Wu, Aiping Song, Nianjun Teng, LGD: a comprehensive online database of Liliales based on multi-omics data, Horticulture Research, 2025;, uhaf311, https://doi.org/10.1093/hr/uhaf311
VGsoft Team（凌恩开发团队）于2015年成立，致力于为多组学相关生命科学研究，提供数据库和信息化解决方案。开发团队骨干由十年以上项目经验的资深软件工程师和生信工程师构成，可提供灵活多样的数据库构建及信息化服务。服务项目包括物种数据库、多组学数据库、eDNA数据库、育种平台、生信云平台等，客户涵盖高校、科研院所、三甲医院及上市公司等，项目成果发表在Cell, Nucleic Acids Research, Molecular Therapy, Horticulture Research等国际著名期刊上。每一个研究领域都至少需要一个数据库，凌恩生物开发团队秉持“数据驱动创新，客户赋能未来”的理念，为客户提升科研价值，巩固数据成果，锁定领域影响。更多凌恩项目案例见：http://vgsoft.biozeron.com/bmstor/database/animal
