2025年11月，凌恩生物助力客户发表文章118篇，累计影响因子612分，其中包括Nature Communications、Advanced Science、Journal of Hazardous Materials、The ISME Journal、Environment International、Bioresource Technology等期刊文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向，其中多组学研究40篇，微生物方向42篇，基因组方向18篇，转录组方向18篇，代谢组方向12篇，宏基因组方向20篇。
接下来小编挑选了一些高分文章，让我们一起回顾一下吧~
题目:Deep-sea viral diversity and their role in host metabolism of complex organic matter
发表期刊:Nature Communications
涉及的凌恩生物服务产品:二代16S扩增子+宏基因组binning+DNA/RNA宏病毒组+宏转录组
本研究通过整合宏基因组、DNA病毒组、RNA病毒组和宏转录组数据，并结合纯化病毒群落的特征分析，对南海四个深海沉积物位点的病毒群落展开研究，发现不同位点的DNA和RNA病毒群落多样性及病毒-宿主相互作用存在显著差异，其中新生冷泉病毒群落具有RNA病毒和温和病毒比例更高的独特特征；研究还揭示病毒功能基因可主动表达，可能促进宿主对复杂有机物（COM）的代谢，强调了病毒在深海碳循环和微生物群落结构调控中的关键作用。
底物利用与交叉摄食协同决定微生物组对病原体入侵的抵抗能力
题目: Substrate utilization and cross-feeding synergistically determine microbiome resistance to pathogen invasion
发表期刊:Nature Ecology&Evolution
涉及的凌恩生物服务产品:细菌完成图+基因组规模代谢模型（GEMs）
本研究结合基因组规模代谢模型（GEMs）与合成菌群（SynCom）实验，系统探究番茄根际微生物群抵御青枯菌入侵的生态与代谢机制。研究结果显示，优化后的模型对病原菌入侵的预测准确率达93%。此外，研究证实底物利用与交叉喂养代谢物协同决定微生物组抗性，交叉喂养代谢物能够促进本土群落生长、抑制病原菌。同时，整合二者的模型解释力相较于单一因素模型提升超过28%。该研究揭示了交叉喂养代谢物在微生物组抗病中的关键作用，为设计抗病微生物组提供了理论与工具支持。
题目:The RodentGPOmics Atlas: a comprehensive database of rodent biology for genomes and pathogens
发表期刊:Nucleic Acids Research
本研究构建了啮齿动物基因组与病原体多组学图谱，结合基因组注释、比较基因组学及病原体流行病学等多维度分析。该数据库可清晰呈现啮齿动物的分类、栖息地等生态特征，揭示其基因组中基因扩张/收缩及免疫基因差异；同时明确与人类密切相关的啮齿动物是高风险人畜共患病载体，且部分啮齿动物基因组存在与病毒序列相似片段，为啮齿动物生物医学模型开发、分子进化研究及人畜共患病防控提供关键支撑。
题目:Amoxicillin effects on pollutant removal, cyanophycin synthesis, and the proliferation of antibiotic resistance genes (ARGs) in the algal-bacterial biofilm
发表期刊:Journal of Hazardous Materials
涉及的凌恩生物服务产品:宏基因组+宏基因组Binning
同化作用，显著降低了氨氮和磷的去除效率，并且这种抑制作用随着AMX浓度的升高而增强。同时，AMX还抑制了蓝细菌的生长以及蓝细菌素的合成，其中Pantanalinema和Planktothrix是主要的蓝细菌素产生菌。在抗生素抗性基因（ARGs）方面，AMX促进了sul1、OXA-101、VEB-3和qacEdelta1等ARGs的增殖，降低了OXA-36、erm(F)和tet类ARGs的丰度。变形菌门和拟杆菌门是ARGs的主要宿主，且bacA和tetX1的水平基因转移（HGT）较为活跃，为含抗生素废水的藻菌系统优化提供依据。
题目:Unraveling microbial synergy in blended Daqu: A multi-omics approach to decoding the unique flavor profile of Jiuliangxiang baijiu
涉及的凌恩生物服务产品:二代扩增子+非靶向代谢组+宏基因组
本研究借助多组学技术剖析九粮香白酒（JLX）的风味机制。运用GC - MS获得JLX中25种香气活性化合物（OAV≥1），并确定棕榈酸乙酯为潜在的特征标志物。对混合大曲进行分析后发现，其糖化、酯化和液化能力均显著提高，微生物多样性也有所增强。通过代谢组学找到了棕榈酸乙酯的前体Gpgr。宏基因组学研究揭示了地衣芽孢杆菌等核心菌群在酯合成方面的遗传潜力。本研究为优化大曲混合、实现以风味为导向的白酒创新提供了科学依据。
题目:Transforming Camellia oleifera meal into feedstuff: Enhancing value through detoxification and fermentation
发表期刊: Bioresource Technology
涉及的凌恩生物服务产品:二代16S扩增子+二代ITS扩增子+非靶向代谢组
本研究结合微生物多样性测序与非靶向代谢组学技术，对油茶粕（COM）经碳酸钠脱毒及微生物发酵后的样本进行分析。结果表明，脱毒优化工艺可去除 82.71% 皂苷；发酵后有益菌丰度显著升高，有害菌减少，同时氨基酸、叶酸等435种有益代谢物上调，碳水化合物等 333 种物质下调；动物实验显示发酵油茶粕（FCOM）对鸡生长无负面影响。该分析揭示了 COM 处理后微生物-代谢物协同变化机制，为 COM 转化为安全饲料原料、缓解饲料粮短缺提供理论基础。
由上流覆盖式过滤器反应堆中硫代硫酸盐和黄铁矿的区域供应驱动的氮去除
题目:Nitrogen removal driven by zonal supply of thiosulfate and pyrite in an up-flow blanket filter (UBF) reactor
发表期刊:Bioresource Technology
本研究运用宏基因组技术，对上流覆盖式过滤器（UBF）反应器的污泥样品进行分析。结果显示，反应器内的微生物群落结构随硫源的添加而发生显著改变：在门水平上，初始阶段由 Planctomycetota 占据主导，后期 Pseudomonadota 成为优势门；在属水平上，Thiobacillus、PFJX01 等硫代谢菌得以富集；脱氮基因 napAC、norBC 以及硫代谢基因 Sox、SQR 在不同功能层呈现出特异性的高表达，并且物种多样性有显著提升。这揭示了在分区供硫的环境下，微生物通过层间的功能分化与基因调控，实现了氮硫代谢的协同，为反应器的深度脱氮提供了微生物机制方面的支撑。
LGD ：基于多组学数据的百合科植物综合在线数据库
题目:LGD: a comprehensive online database of Liliales based on multi-omics data
发表期刊:Horticulture Research
本研究开发了首个针对百合目（Liliales）的综合性多组学数据库，整合了物种的基因组数据、转录组数据及叶绿体基因组，经注释得到510,601个蛋白编码基因。数据库包含Home、Genome Sequence Archives等8个核心模块，提供基因组可视化、共线性分析、基因表达图谱查看、Blast比对、引物设计等功能。其旨在解决百合目物种超大基因组分析难题，为该目的功能基因组学研究、遗传育种及基因组进化研究提供支撑。
凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名生物信息高级技术人员加盟，参与并完成多个高科技项目。现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。
