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Pandas GroupBy提速神技:40分钟到4秒

Pandas GroupBy提速神技:40分钟到4秒 我爱数据科学
2025-11-22
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导读:一行代码的魔力,让你的数据处理效率飙升你是否曾有过这样的经历——眼睁睁看着Pandas代码运行,进度条却像蜗


一行代码的魔力,让你的数据处理效率飙升


你是否曾有过这样的经历——眼睁睁看着Pandas代码运行,进度条却像蜗牛般缓慢爬行?

我曾经处理一个2500万行的数据集,在现代标准下并不算特别庞大,但我的分组聚合脚本却运行了整整40分钟。最让人沮丧的是,我并没有进行复杂的数学计算,仅仅是简单的分组求和。

直到我发现了那个微小调整,让处理时间缩短到了4秒。这个方法如此简单,我至今仍在懊恼为什么没有早点发现它。

40分钟瓶颈的根源

Pandas的groupby()方法功能强大,但就像跑车遇上堵车,性能取决于你的使用方式。

常见的性能杀手:

  • 在未排序、未优化的列上进行分组
  • 使用Python函数而非向量化函数
  • 忽略as_index参数的控制
  • 对同一对象重复进行聚合操作

看看我最初那个**"缓慢"的代码**:

import pandas as pd

df = pd.read_csv("sales_data.csv")

result = df.groupby("region")["sales"].sum()

看起来很简单,对吧?但我的region列是对象数据类型,包含数百万个重复字符串。这就像有一大堆乐高积木却没有分类盒——Pandas每次都得重新整理它们。

4秒解决的奇迹

解决方法只需一个预处理步骤:在调用groupby()之前,将分组列转换为category数据类型

df["region"] = df["region"].astype("category")

result = df.groupby("region", observed=True, sort=False)["sales"].sum()

为什么这个方法有效:

  • category数据类型将每个唯一值只存储一次,在内部将行映射到整数
  • observed=True避免为未使用的类别级别创建空组
  • sort=False跳过分组排序,这个步骤通常并不必要

这一调整将我的运行时间从2400秒(40分钟)降到了约4秒。

速度提升的科学原理

想象一下邮寄信件的过程:

  • 对象数据类型:每次都要完整写下地址信息
  • 分类数据类型:为每个地址编号一次,之后只需在信封上写数字

这种"压缩"意味着更快的查找速度和更低的内存占用。Pandas无需反复比较长字符串——只需比较小整数即可。

在我的案例中:

步骤
耗时
内存使用
使用对象类型的GroupBy
40分钟
~2.8 GB
使用分类类型的GroupBy
4秒
~300 MB

适用场景

这个GroupBy技巧在以下情况下是救星

  • 分组列有重复字符串或低基数取值(如countryproduct_idstatus
  • 不需要按字母顺序排列结果
  • 想要减少大数据框的内存占用

以下情况效果不明显:

  • 在数值列上分组(本身已很高效)
  • 在高基数列上分组(如每行的唯一ID)

其他值得了解的GroupBy优化技巧

除了数据类型转换,你还可以尝试:

1. 分块预聚合

如果数据集太大无法装入内存,可分成小块处理再合并结果。

2. 搭配向量化函数使用agg()

避免在groupby中使用缓慢的Python函数,优先使用summeancount等,而非apply(lambda x: ...)

3. 单次完成多个聚合

不要这样写:

df.groupby("region")["sales"].sum()
df.groupby("region")["sales"].mean()

而应该:

df.groupby("region")["sales"].agg(["sum""mean"])

4. 尝试Apache Arrow后端(Pandas ≥ 2.0)

提供更快的内部表示和更好的内存效率。

更深层的启示:数据类型至关重要

这个技巧的神奇之处不在于某个晦涩的Pandas hack,而在于对数据类型的尊重。Pandas建立在NumPy之上,而NumPy专为固定大小、高效的表示而设计。字符串既不固定大小也不高效——但分类数据类型可以。

category想象成字典中的索引——正是它让大数据集能够像小数据集一样快速处理。

结语:小调整,大回报

那36分钟的时间节省仅来自一行代码的改变。这证明了Pandas中的性能问题通常有简单的解决方案——只要你知道在哪里寻找。

如果你的groupby()操作一直很慢,不妨尝试:

  1. 将分组列转换为category类型
  2. 禁用不必要的排序
  3. 避免在聚合中使用Python函数

你的运行时间(和咖啡预算)会感谢你的。

💬 轮到你了:你有没有发现过节省大量时间的Pandas技巧?在评论区分享吧——我可能会在下一篇文章中特别介绍它。


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精通R语言及Python,传递数据挖掘及可视化技术,关注机器学习及深度学习算法及实现,分享大模型及LangChain的使用技巧。编著多本R语言、python、深度学习等书籍。
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