是的，取得小规模开具的1%的农产品专票不得抵扣9%，只能抵扣1%。

从财税2017年37号公告来看，只允许3%的农产品专票抵扣9%。

参考：

根据《财政部、国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条、《财政部、税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）第二条、《财政部、税务总局、海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号)第二条规定，纳税人购进农产品，从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。