本篇要介绍的内容,涵盖了多种基于环形布局的高级图表。这类工具通常用于基因组学、微生物组学、时间序列和多元关联分析等领域。
环形热图:用于时间序列、周期数据、层次聚类结果展示;
环形分组柱状图:用于分组数据的周期性或对比展示;
染色体Circos图:用于基因组数据可视化;
交互物种关系Circos图:用于微生物组学中物种-样本丰度关联网络;
环形图:用于数据分布或构成展示;
交互环形相关图:用于多变量相关性矩阵可视化。
环形热图
将传统的热图以环形形式展示,常用于显示时间序列、周期数据或层次聚类结果。
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热图设置 |
1.热图与边框颜色:支持自定义配色与单元格网格线颜色 |
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2.圆环造型:圆环半径(1-50)与缺口角度(0-360°)可调,以适配不同布局 |
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数据处理 |
1.是否标准化 |
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2.聚类方式:row、column、none |
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3.聚类方法:single、complete、ward.D、ward.D2等7种聚类方法 |
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4.距离算法:euclidean、maximum、manhattan、canberra、minkowski |
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聚类树设置 |
可自定义聚类树颜色(单色 / 多色)、位置(图表内 / 外)与显示高度 |
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图例位置 |
图例可灵活放置于图表中心、左下或右下角 |
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图表下载 |
支持PNG、PDF 、 SVG 格式文件 |
环形分组柱状图
结合环形图与分组柱状图特点,将数据分组展示在环形布局中,每组数据通过柱体(或扇形区域内的柱体)展示。
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图表颜色 |
支持自定义分组颜色和柱形颜色 |
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网格线样式 |
可设置网格线样式(如原点、短横线、长划线等)及透明度 |
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内外径大小 |
调整图表的内外半径 |
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Y轴范围 |
设置Y轴展示的范围 |
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图表下载 |
仅支持PNG图片 |
染色体Circos图
染色体Circos图是Circos最经典的应用,能直观的查看不同区域 / 基因的表达情况和差异显著性。
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外圈设置 |
控制刻度线的显示 / 隐藏 |
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标签设置:自定义标签的颜色与方向 |
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图层设置 |
热图:控制热图圈层展示的数据;切换热图图表色卡以及修改边框颜色 |
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散点图:切换散点图的数据;自定义散点的颜色、形状以及大小 |
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折线图:切换不同的数据用于绘图;自定义折线的颜色、样式、线条粗细 |
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柱状图:切换不同柱状图的数据用于绘图;调整柱形的颜色与宽度 |
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背景设置 |
着色方式:设置环形(自定义颜色)或扇形(选择色卡)方式着色 |
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间距设置 |
可调整不同轨道及染色体区块间的间距样式 |
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图表下载 |
支持 PNG 、 PDF 、SVG 格式下载 |
默认绘制四层图表分别是:
热图(常用于显示P值等数据);
散点图(常用于显示上调倍数等数据);
折线图(常用于显示上调倍数均值等数据);
柱状图(常用于显示上调基因下调基因表达等数据);
额外增加的两层分别是散点图和柱状图,每个圈层均可切换以上四种图表类型。
交互物种关系Circos图
基于Circos布局,在微生物群落研究中,常用于展示物种-样品丰度关联关系。它能够很直观地反映出各物种在样品 /分组中的丰度,以及各个样品 / 分组中所含物种的丰度信息。
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图表颜色 |
可分别自定义物种颜色与样本颜色 |
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图表宽高 |
同比例缩放图表的宽高和高度 |
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连接设置 |
可设置连接线的透明度 |
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刻度设置 |
标签字号是否显示以及设置标签的大小 |
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图表下载 |
支持 PNG 、 PDF 、SVG 格式下载 |
环形图
环形显示数据的分布特征及趋势。
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图表颜色 |
自定义不同色卡进行绘图 |
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图表类型 |
饼图、自定义 |
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环状大小 |
可自定义环形的宽度与半径 |
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透明度 |
可调整环形区域的不透明度 |
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图表下载 |
支持PNG、 JPG 、PDF 、 SVG 格式文件格式 |
交互环形相关图
展示多个变量之间的相关性矩阵,以环形布局呈现。
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节点设置 |
1.节点颜色:节点的颜色可设置为单色和多色 |
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2.节点大小:可按数据默认展示;也可设置统一大小 |
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3.节点形状:设置为圆形、正方形、圆角矩形、三角形、菱形等多种形状 |
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线条颜色 |
1.线条颜色:可自定义连接线的颜色 |
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2.粗细与样式:可调整线条的粗细,并选择实线、点线、短划线等样式 |
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图表下载 |
仅支持PNG图片 |
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