大家好!欢迎关注小号:医学统计数据分析,今天我们来介绍一下常用统计学方法的R语言基本操作中,双变量散点图、箱型图、抖点图、小提琴图、抖点+小提琴图的画法。
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
我们先下载R与Rstudio的安装包,先安装R,再安装Rstudio。RStudio是一款R语言的集成开发环境(IDE),R自带的环境操作起来可能不是方便,而Rstudio很好地解决了这个问题,RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具,因为它自身并不附带R程序。
R下载地址(官网):
https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
Rstudio(官网):
https://rstudio.com/
打开RStudio之后,会出现上图所示的窗口,其中有四个独立的面板。RStudio界面分为左上角的源码编辑、脚本显示,左下角的代码执行、控制台,右上角的代码历史记录、数据对象列表,右下角的代码组织管理、包安装、更新、绘图。
我们以下图所示数据为例:
我们先整理一下操作空间:
rm(list=ls())#清空所有数据变量列表
install.packages() #安装包
library() #加载包
#加载所需包并加载数据
library(readxl) #读取Excel包
library(ggplot2) #绘图用包
library(reshape2) #抖点及小提琴图用包
data <- read_excel(C:/Users/LENOVO/Desktop/测试数据.xlsx)
上图用View()我们预览数据
View(data)
我们直接通过plot()语句将总体数据进行绘图
plot(data)
可得到所有变量间双变量散点图矩阵
我们通过melt函数将“长数据”转换为“短数据”。
data2<- melt(data)
并对“熔化”后数据直接绘图:
plot(data2)
可得到分组的箱型图
通过geom_jitter可绘制出抖点图:
ggplot(data2,aes(x=variable,y=value ,fill = variable))+
geom_jitter(shape=21,aes(fill=variable),position = position_jitter(width = 0.2))+
xlab("Group")+ylab("Score")+
theme_bw()+theme(legend.position = "none")
通过geom_violin可绘制出小提琴图:
ggplot(data2,aes(x=variable,y=value ,fill = variable))+
geom_violin(alpha=0.5,aes(linetype=NA))+
xlab("Group")+ylab("Score")+
theme_bw()+theme(legend.position = "none")
通过geom_jitter组合geom_violin可绘制出抖点+小提琴图:
ggplot(data2,aes(x=variable,y=value ,fill = variable))+
geom_violin(alpha=0.5,aes(linetype=NA))+
geom_jitter(shape=21,aes(fill=variable),position = position_jitter(width = 0.2))+
xlab("Group")+ylab("Score")+
theme_bw()+theme(legend.position = "none")

