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GWAS中曼哈顿图如何修改或者去掉阈值线

育种数据分析之放飞自我

2025-03-03

作图：

但是如何设置上面的红线和蓝线的值呢？下面用代码演示一下：

1，示例代码

library(qqman)manhattan(gwasResults)

2，设置红线和蓝线

蓝色线设置为10的-2次方，红线设置为10的-4次方：

manhattan(gwasResults,suggestiveline = -log10(1e-2),genomewideline = -log10(1e-4))

3，去掉红线和蓝线

manhattan(gwasResults,suggestiveline = FALSE,genomewideline = FALSE)

其实，这个函数有帮助文档：

R中键入：

 ?manhattan

如果想要在曼哈顿图中显示snp的信息，可以看这篇博客：GWAS中曼哈顿图如何显示snp的信息，以及多性状曼哈顿图绘制的方法：多性状或者多个模型的QQ和曼哈顿重叠图。

具体操作流程和代码，可以看一下下面的教程：

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