尽管大多数历史学家都认为耶稣这一人物的确存在，但围绕在这个人身上的生与死，以及发生在他身上的超自然事件，让人难以分清现实与传说。
以下是关于耶稣至今仍未找到答案的谜团：
1.耶稣于何时降生？（When was Jesus born?）
尽管多数基督徒都在每年的12月25日庆祝他的降生，但实际上人人都知道这一天并不真正是耶稣降生的日子。甚至他出生的年份——人们通常认为是公元前2到7世纪——也有待考证。
2008年，天文学家戴夫·蕾妮（Dave Reneke）称，圣诞星（与耶稣相关的一种天文现象）也许是金星和木星相互接近时空中形成的一道强光。通过电脑模型，蕾妮认为这一罕见的现象就发生在公元前2世纪的6月17日。
其他研究人员也曾声称，土星和木星也曾发生过类似的事件，而时间是在公元前7世纪。同时，根据牧羊人在耶稣诞生之日放牧于田野之中的故事，也有人认为耶稣出生在春季，因为这更像是发生在春天，而不是冬天的事情。
2.耶稣结婚了吗？（Was Jesus married?）
关于耶稣最有争议的问题莫过于他是否结过婚了，这是由丹·布朗（Dan Brown）在其小说《达芬奇密码》中提出的著名论断。一些《圣经》研究者认为耶稣曾娶抹大拉的玛丽亚（Mary Magdalene）为妻，这个女人的名字曾频频出现在《圣经新约故事》中。
巴尔巴尔·斯锐尔（Barbara Thiering）在信仰网（Beliefnet.com.）上写道：“在《飞利浦的福音》（发现于拿戈玛第的诺斯替教法律）中，尽管手稿破旧不堪，但这些字迹仍清晰可见：‘上帝的身边总有三人寸步不离：他的母亲玛利亚、他的妹妹以及上帝的伴侣抹大拉的玛丽亚”。
近期发现的草纸为那些认为耶稣结过婚的人们增添了一些信心。《耶稣之妻福音书》于2012年公开于世，包括诸如“耶稣对他们说道：‘我的妻……’”的内容。经法庭科学取证，尽管众说纷纭，但这本福音书很可能是真的，并不是近期伪造的。
3.耶稣是否曾在水面上行走？（Did Jesus walk on water?）
关于耶稣，让人最为印象深刻的奇迹就是他曾在加利利（近位于以色列的淡水湖）湖面上行走。近期的研究发现，这有可能是真的，不过当时水面是结冰的。
在一次不寻常的寒潮中，气温降到25华氏（零下4摄氏度），湖的西岸发现了一条咸水溪，在它表面上冻出一条漂浮的冰路并非没有可能。研究人员称，冰块在未结冰的湖面上漂浮是很难融化的，特别是冰面被雨水冲刷平滑之后。
4.耶稣何时死去？（When did Jesus die?）
几处材料中都提到过耶稣被犹大州的罗马长官彼拉多用刑。基督教的福音书中提到，在耶稣受刑罚后，天空显现几个小时的黑暗，历史学家认为要么这是个奇迹，要么就是暗无天日即将来临的征兆。
历史学家利用天文知识调查了上述现象与耶稣之死的关系。一些人认为苦难日的黑暗与基督纪元29年发生了近2分钟的日全食有关，而也有人认为公元33年发生了第二次日全食，遮蔽了太阳四分钟之久。
5.耶稣是否以都灵裹尸布下葬？（Was Jesus buried in the Shroud of Turin?）
都灵裹尸布（被认为是耶稣下葬时的覆盖物）的真实性几个世纪以来一直备受质疑，而过去近数十年的科学调查也只是使持续不断的真假之辩更为激烈。
尽管每年都会有成千上万的崇拜者到意大利的都灵大教堂餐馆耶稣的裹尸布，但基督教大教堂就裹尸布的地位并没有官方的说法。20世纪80年代，裹尸布被拿到三个不同的实验室通过碳同位素进行年代测定，结果显示它不足800年的历史，很可能在公元1260年到1390年间的中世纪期间制作而成。
然而，2014年的一项研究显示，发生在古代耶路撒冷的地震会释放中子，可以创造裹尸布中的图像，也会改变放射性碳元素，因此才会在后世的研究中被鉴定为中世纪伪造品。
其他专家对这些发现争论不休，因此都灵裹尸布的真实性——正如其他那些关于耶稣生与死的谜团一样——仍然是个未知数。
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