MIMIC数据库最新提取教程

     科研分析网站专注于提供医疗公共数据库（MIMIC，INSPIRE，EICU，NWICU，Nhanes，Charls，CLHLS，ELSA，SHARE，HRS，PIC）等研究，让你无需安装数据库，无需写代码就可以完成医疗公共数据库数据提取，清洗，分析并做图等工作，关注科研分析公众号，助你早日完成科研论文发表。

MIMIC介绍

MIMIC（Medical Information Mart for Intensive Care）是一个公开数据库，旨在为研究人员提供大量真实的重症监护室（ICU）患者数据，以促进医学研究和新医疗技术的开发。

MIMIC数据库的官方网站为：https://mimic.mit.edu/docs/help/

该数据库记录了贝斯以色列女执事医疗中心数十万名患者的临床数据，包括实验室结果、药物治疗、手术记录等。

最新版的MIMIC数据库是MIMIC-IV 3.1，MIMIC数据库因其覆盖广泛、数据全面而备受青睐。研究人员几乎可以找到所有重症病例的数据，适用于各种类型的医学研究。

MIMIC是一个在国内外都非常火的一个数据库，近几年每年发文数量都在5000+以上。

科研分析网站提取优势

MIMIC数据库里的指标种类非常丰富，其中实验室指标超过900+，波形指标超过2000+，处方超过5000+，记录的诊断超过26000，输液种类超过200。

这些指标都记录在postgres数据库中，如果要想提取到符合自己要求的数据，就必须通过编写sql脚本代码才能提取，sql脚本对代码格式要求非常严格，只要有一个字符写错，提取出来的数据相差就非常大，这对于没有数据库基础的医生朋友们简直是不可能完成的任务。

为了帮助大家快速提取到需要的MIMIC数据，科研分析网站开发了自动生成SQL代码功能，大家只需要在网站填入想提取的指标编码，网站就可以自动生成提取这些指标的代码，然后使用网站的在线数据库就可以把这些指标直接提取出来，这样大家就不需要写代码，也不需要安装MIMIC数据库就可以提取到自己需要的数据了。

科研分析网站自动生成MIMIC提取代码的功能已经开发了一段时间了，功能相比初始版本有了一些变化并且根据粉丝的要求增加了很多新功能，所以本教程我将重新整体介绍下科研分析网站提供的提取MIMIC数据库的功能及使用方式。

MIMIC提取指标

提取MIMIC数据库可以分为五步：

第一步：指标查询

第二步：设置纳排条件

第三步：生成提取指标代码

第四步：执行提取代码

第五步：汇总指标

MIMIC指标查询功能

针对MIMIC数据库指标多的特点，科研分析网站提供了使用简单而功能又非常强大的MIMIC数据库指标查询功能，让大家快速查询到要进行纳排或者提取的指标。

使用编码查询功能，可以根据指标的中文或者英文描述，指标名进行多维度快速定位到需要使用的指标，并且还会列出了该指标使用的人数。

科研分析网站可以查询的指标主要分为六类：

诊断编码：根据中文或英文查询诊断编码及患者人数

手术编码：根据中文或英文查询手术编码及患者人数

实验室指标编码：根据中文或英文查询实验室指标编码及患者人数

生命体征编码：记录了ICU期间的波形数据

处方编码：根据中文或英文查询处方编码及服用该处方的患者人数

输液编码：根据中文或英文查询输液编码及输液的患者人数

MIMIC纳排条件设置

提取mimic数据库的第二步就是设置纳排条件，在纳排条件页面可以非常方便的设置各种纳排指标。

在填写完纳排条件后，可以点击纳排页面的一些操作按钮查询病人数量或者生成纳排流程图

查询病人数量：点击该按钮就会查询出最终能提取出来的病人总数

生成纳排流程图：点击该按钮就能自动帮你生成纳排流程图，每一步都清晰明了

生成网站在线数据库执行代码：使用我们网站不需要你安装数据库就可以提取mimic指标，点击该按钮就能自动帮你生成纳排表的代码，后续你使用这个代码在我们在线数据库执行就会帮你生成专属于你的纳排表。

生成你自己安装的数据库执行代码：如果你本地已经安装了MIMIC数据库，你不想使用我们网站的在线数据库，你可以点击按钮，生成可以在你本地数据库执行的纳排表代码，后续你可以使用这个代码在你本地数据库执行生成你的纳排表。

复制代码：点击该按钮，就会把生成好的纳排表代码复制到电脑的剪贴板。

MIMIC生成提取指标代码

提取mimic数据库的第三步就是生成提取各指标代码，提取代码需要在各指标页面分别生成。

提取人口统计学：在这里可以生成提取人口统计学指标代码

常用实验室指标：在这里预置了一些常用的实验室指标，直接在该页面勾选这些指标就可以自动生成提取常用实验室指标的代码

提取实验室指标：在这里你可以自由输入你想提取的实验室指标编码，然后生成提取这些指标的代码

常用生命体征：在这里预置了一些MIMIC数据库常用的生命体征指标，直接在该页面勾选这些指标就可以自动生成提取常用生命体征指标的代码

提取生命体征：在这里你可以自由输入你想提取的生命体征指标编码，然后生成提取这些指标的代码

提取合并症：在这里预置了一些MIMIC数据库常用的诊断，你可以在该页面直接勾选这些诊断或者自由输入你想提取的诊断编码，然后自动生成提取这些诊断指标的代码

提取手术指标：在这里你可以自由输入你想提取的手术指标编码，然后生成提取这些手术指标的代码

提取给药数据：在这里预置了一些MIMIC数据库常用的处方药物指标，你可以在该页面直接勾选这些处方指标或者自由输入你想提取的处方编码，然后自动生成提取这些处方指标的代码

提取输液数据：在这里预置了一些MIMIC数据库常用的输液指标，你可以在该页面直接勾选这些输液指标或者自由输入你想提取的输液编码，然后自动生成提取这些输液指标的代码

提取预后数据：在这个页面可以提取MIMIC数据库入院时间，入ICU时间，出院时间，出ICU时间，住院天数，住ICU天数，是否死亡，是否院内死亡，入院存活天数，入ICU存活天数

提取机械通气：这里能提取MIMIC数据库患者是否做过机械通气，机械通气类型，机械通气小时数，首次机械通气时间

提取CRRT指标：CRRT指标能提取患者是否做过CRRT，首次做CRRT的时间，CRRT总共做的天数

提取脓毒症指标：脓毒症指标能提取患者是否确诊脓毒症，确诊脓毒症日期，脓毒症感染部位评分

提取AKI指标：AKI指标能提取患者是否发生了AKI，AKI所处的阶段，AKI首次发生时间

提取液体平衡：在这里可以提取MIMIC数据库中ICU期间的各种液体输入输出量

提取评分数据：这里提取的评分包括SOFA评分，APSIII评分，SIRS评分，SAPSII评分，OASIS评分，GCS评分，Charlson评分

提取LVEF：这里LVEF指标值

提取微生物指标：这里可以提取微生物指标

MIMIC执行提取指标代码

提取mimic数据库的第四步就是在我们的在线数据库执行上一步生成的代码。

生成好代码后点击“复制代码”按钮就会把生成好的代码复制到系统剪贴板，将代码复制到pgAdmin或者navicat中就可以执行这些代码并把指标提取到本地。

使用pgAdmin执行方式

使用navicat执行代码方式

MIMIC汇总指标数据

提取mimic数据库的最后一步就是使用我们网站的数据汇总功能将各种指标汇总到同一个文件中。

数据汇总：在提取完上面的指标之后，在进行数据分析时，我们一般需要将所有的指标都汇总到同一个表格中，网站的数据汇总功能就可以将上面提取的各种指标汇总到同一个文件

数据提取出来后，你也可以使用我们网站的数据分析功能快速进行数据分析。

1，NHANES数据库支持一键提取指标了

2，MIMIC数据库支持自动提取指标了

3，EICU数据库支持自动提取指标了

4，CHARLS数据库可以自动提取指标了

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11，NWICU，一个待挖掘的重症数据库

12，CDC WONDER 数据库快速分析

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