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中国农科院深圳农业基因组研究所黄三文研究员领衔的科研团队，首相关科研论文发表在最新一期的国际知名生命科学期刊《细胞》上。次采用基因组、转录组、代谢组等多组学大数据分析，揭示了番茄在驯化和育种过程中营养和风味物质发生的变化，及其调控位点，为番茄果实风味、营养物质的遗传调控和全基因组设计育种提供了路线图。
番茄是世界第一大果蔬作物，因其富含抗氧化的番茄红素、多种维生素和矿物质等，且具有低热量优势，是最具价值的果实。世界粮农组织统计显示，全球每年番茄总产值接近1000亿美元；而在国际种业市场上，高端优质番茄的种子价格甚至超过黄金。
自2004年起，黄三文带领科研团队参与番茄基因组测序任务。经过10余年的潜心研究，他们广泛收集了全球600多份不同类型的番茄种质资源，并开展了基因组、转录组、代谢组等多组学分析，产生了约7Tb的原始序列数据，数据分析获得了2600万个基因组变异位点、3万多个基因的表达量和980种果实代谢物的群体多组学数据，构建了全球最大园艺作物组学数据库。
同时，利用基因组学技术阐明了番茄从野生番茄成大果栽培番茄的人工驯化过程，发现了现代番茄风味丢失的基因调控机制，并发现了控制番茄风味的多个调控路径，为更为营养美味番茄的设计育种提供了路线图。
