青贮饲料中的霉菌毒素主要包括单端孢霉烯族毒素、伏马菌素、黄曲霉毒素、玉米赤霉烯酮、霉酚酸和异烟棒曲霉素C。
镰刀菌毒素
镰刀菌在植物生长和成熟过程中增殖，被认为是田间真菌。镰刀菌在高温、高湿环境容易生长，不耐受低pH和厌氧条件。一些镰刀菌毒素在青贮期间也保持相对稳定，不被降解，因此，可以用镰刀菌毒素浓度反映饲草收获时的污染水平。
（1）单端孢霉烯族毒素
单端孢霉烯族毒素由许多真菌代谢物组成，如镰刀菌属、漆斑霉属、拟茎点霉属、水霉属、木霉属和单端孢属产生。单端孢霉烯族毒素被分为大环化合物或非大环化合物。非大环化单端孢霉烯主要由镰刀菌属生产。其进一步分为A型单端孢霉毒素，包括T-2毒素、HT-2毒素和B型单端孢菌烯酮等。T-2毒素和HT-2毒素主要由镰孢菌和镰刀菌产生，在谷物中更普遍，这两种毒素能被瘤胃微生物降解。研究发现，犊牛中含10,000 ~50,000 μg/kg 的T-2 毒素时出现瘤胃溃疡和瘤胃乳头糜烂。脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）由禾谷镰刀菌，镰刀霉和镰孢霉等产生。有研究表明，DON是青贮中最常见的真菌毒素之一，浓度非常高。DON也被称为呕吐毒素，因为它与猪的呕吐、拒食、腹泻以及生殖问题和死亡有关。但反刍动物对呕吐毒素具有一定的抗性，一些瘤胃微生物能将DON转化为无毒的形式。
（2）伏马菌素
伏马菌素由几种镰刀菌产生。研究发现，已有超过28种不同形式的伏马菌素，分别命名为A类、B类、C类和P类。其中伏马菌素B在饲料污染方面被认为毒性最大。饲料中伏马菌素浓度较高时，容易发生空气渗透和不良发酵。瘤胃能降解伏马菌素，因此这类毒素对反刍动物的危害较小，但有研究显示，该毒素饲喂浓度达到1000μg/kg时对小牛有肾毒性。
（3）玉米赤霉烯酮
玉米赤霉烯酮(ZEA)是由几种镰刀菌产生的雌激素类代谢产物。研究发现，ZEA是检测到的最常见真菌毒素。据调查研究，在美洲、欧洲和亚洲采集的7049个家畜饲料样品中约有45%含有ZEA，平均浓度为233μg/kg。ZEA主要影响动物健康和繁殖。
曲霉毒素
曲霉菌是储藏真菌，在收获前通常不会感染作物。在高温（>32°C）、高湿（>80%）或干旱胁迫期间，黄曲霉可能会在田间感染作物并产生黄曲霉毒素，昆虫对牧草的损害也可能导致感染或恶化感染。
（1）黄曲霉毒素
黄曲霉毒素是由黄曲霉菌，寄生曲霉菌等真菌通过聚酮途径产生的有毒，致突变和致癌的二氟香豆素衍生物。黄曲霉毒素B1（AFB1）是主要毒素，也是毒性最强的天然致癌物。AFB1通过一系列的反应转化为AFM1。AFM1属于第一组人类致癌物。与其他真菌毒素相比，保存完好的青贮饲料中黄曲霉毒素的发生率和浓度相对较低。黄曲霉毒素会导致肝功能受损，免疫抑制等问题。黄曲霉毒素是唯一得到政府立法在饲料和奶制品中限量的霉菌毒素。
（2）赭曲霉毒素
赭曲霉毒素是由疣状青霉、赭曲霉、黑曲霉等产生的次级代谢产物。赭曲霉毒素A（OTA）有致癌性和免疫毒性，在青贮饲料中的发生率和浓度相对于其他主要真菌毒素如DON，ZEA，伏马菌素和T-2毒素较低。但出现高采食量时可能会超过瘤胃的解毒能力，导致牛奶产量下降，毒素也会转移到牛奶中。
青霉毒素
青霉菌在青贮环境中生长，耐酸，且能在低氧浓度下生长，因此常被称为青贮霉菌。青霉菌主要包括娄底青霉菌毒素（PR毒素），霉酚酸和异烟棒曲霉素C。PR毒素很少在青贮饲料中检测到，霉酚酸和异烟棒曲霉素C是青贮饲料中研究最多的青霉毒素。霉酚酸是免疫抑制剂，能阻断T和B淋巴细胞的增殖，抑制抗体形成和产生毒性T细胞。
