目前（2025年）有效的、可以抵扣进项税的通行费发票主要是：
1. 收费公路通行费增值税电子普通发票：
这是目前最常见且推荐的方式。当你通过ETC或在线支付等方式缴纳通行费后，可以向收费公路经营管理单位索取增值税电子普通发票。
抵扣方式：这种发票上会明确注明“税额”。你作为一般纳税人，在增值税纳税申报时，可以直接凭发票上注明的税额进行抵扣。就像其他增值税专用发票或符合条件的电子普通发票一样，在增值税发票综合服务平台勾选确认即可。
这是现阶段最主要的抵扣凭证。
曾经有效但现已过期的抵扣方式（请注意时效性）：
2. 纸质通行费发票（计算抵扣 - 已过期）：
在2018年6月30日及之前，纳税人取得的“纸质”通行费发票（非财政票据），还可以根据发票类型按以下公式计算抵扣进项税额：
高速公路通行费发票：可抵扣进项税额 = 发票上注明的金额 ÷ (1 + 3%) × 3%
一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票：可抵扣进项税额 = 发票上注明的金额 ÷ (1 + 5%) × 5%
重要提示：此政策仅适用于2018年6月30日及之前取得的纸质通行费发票。对于2018年7月1日及以后取得的纸质通行费发票，不能再按此方法计算抵扣进项税额。
不能抵扣进项税的通行费凭证：
3. 财政监制的通行费票据：
通常是一些非经营性收费公路（如政府还贷公路）出具的，套印财政票据监制章的票据（例如《XX省（市）车辆通行费专用票据》）。这类财政票据不属于增值税扣税凭证，不能用于抵扣进项税额。
总结与关键点：
1. 首选电子发票：
收费公路通行费增值税电子普通发票是当前唯一普遍有效且便捷的抵扣凭证，凭票面注明的税额直接抵扣。
2. 纸质发票时效性：
2018年7月1日之后取得的“纸质”通行费发票（非财政票据）不能抵扣。2018年6月30日及之前的纸质发票按特定公式计算抵扣也已过期（即使有留存发票，现在申报抵扣也可能不被接受或存在风险）。
3. 财政票据不可抵：
财政监制的通行费收据“不能抵扣”。
4. 纳税人身份：
以上抵扣政策适用于增值税“一般纳税人”。小规模纳税人不涉及进项税抵扣。
5. 合规要求：
发票必须开具给抵扣方（你的公司），且用于生产经营相关支出（如货物运输、员工出差等）。
建议：
尽量索取增值税电子普通发票。这是最规范、最方便、最无争议的抵扣方式。
仔细核对发票类型。拿到通行费凭证后，看清楚是“增值税电子普通发票”还是“财政票据”。
咨询专业人士。如果对具体发票的抵扣资格或操作有疑问，特别是涉及金额较大时，务必咨询公司的税务会计或专业的税务顾问。
简单来说：现在要抵扣通行费进项税，最靠谱的办法就是拿到“收费公路通行费增值税电子普通发票”。
