IPA 2025秋季新版发布！新功能IPA Interpret隆重上线

近日，我们迎来了IPA发布的2025年秋季新版，此版本提升了分析速度，新增了IPA Interpret网页模块，知识库新增生物学证据超过12万条，公共数据集总计超过26万个。

此次更新后，用户可在IPA Interpret网页中查看IPA的核心分析结果，不受硬件设备的限制，且这些交互式的结果可与他人分享。在IPA Interpret的首页中，用户可通过首行的列名进行查找、筛选、排序，例如按照分析的基因数量排序，筛选分析中使用的参考集（Reference Set），或筛选分析项目的所有者（这个功能在有多个共享群组的场景下非常实用）。

图注：IPA Interpret首页显示分析结果总表

从IPA客户端的Project Manager右键单击某个分析，即可打开IPA Interpret网页（如下图）。

图注：启动IPA Interpret网页

IPA Interpret页面中包含交互式的图表，它通过蒸馏（distillation）过程从大量结果中筛选出核心信息，生成交互式网络图Graphical Summary，帮助用户快速聚焦最有价值的内容。

图注：IPA Interpret核心分析页面的其他部分

点击各个板块的View Details，即可打开功能更加丰富的详情页面，并对图表进行美化和调整。例如，点击进入Dataset的详情页后，可借助数据集火山图突出显示目标基因或蛋白质的分布情况，聚焦于数据中重要的方面。例如，可以突出显示差异表达程度最高且编码细胞外蛋白质的基因。

图注：在火山图中突出显示目标基因的分布（在数据集表格中筛选出绝对倍数变化≥30且位置为“细胞外空间”的基因）

图注：聚焦匹配关键词的某组基因（在数据集表格中筛选出Entrez Gene描述中包含“myosin”一词的基因）

IPA客户端中的关系线（即节点间的连线）默认状态现已调整为弱化显示，以便更清晰地查看通路或网络中的节点。下图展示了关系线弱化显示与非弱化显示的效果差异，PathTracer菜单可修改关系线的视觉显示设置。

图注：关系线的显示和个性化设置

• Egg-Sperm Fusion Signaling Pathway

卵子-精子融合信号通路

• Lysosome Positioning Signaling Pathway

溶酶体定位信号通路

• Myocardin Signaling Pathway

心肌信号通路

• SLAMF Signaling Pathway

SLAMF信号通路

• Thioredoxin Signaling Pathway

硫氧还蛋白信号通路

• Vitamin K Signaling Pathway

维生素K信号通路

此外，还新增了29条Reactome通路。目前，IPA知识库包含超过1300个交互式经典通路（联系我们可获取全部通路的列表），超过1500个机器学习疾病通路。

本季度新增了超过12万项新证据。除了每周新增的专家审阅整理的证据外，新增的内容还包括BioGrid的蛋白-蛋白相互作用、ClinVar的癌症突变发现、ClinicalTrials.gov的靶点-疾病发现和药物-疾病发现、Gene Ontology发现、IntAct的蛋白-蛋白相互作用等等。

本次更新新增了10159个数据集。在Analysis Match、Activity Plot、Pattern Search、OmicSoft Explorer等功能中，用户可以探索超过26万个人工整理的公共数据集（具体数据统计如下表），或是将它们与自己的数据集进行比较分析。

IPA的内容团队和开发团队一直以来都在不断提升和完善知识库和功能，源资科技一直以来都在不断为广大的用户带来优质的解决方案和支持服务。

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