同源重组缺陷（HRD）在临床诊疗中具有多重意义，例如，对存在HRD的卵巢癌、乳腺癌等恶性肿瘤，HRD评分可预测患者对PARP抑制剂的敏感性。此外，HRD状态与肿瘤预后密切相关，高HRD水平常提示特定的疾病进展风险。而且，HRD检测还能辅助肿瘤分型，如区分HPV相关与非相关肿瘤的分子特征差异，为疾病机制研究及治疗方案优化奠定基础。
然而，由于HRD状态会随时间发生变化，获取该状态仍是一项艰巨的任务。因此，使用快速、精准、高性价比的检测和分析方法十分重要。
HRD评分是对染色体重排事件的计数，HRD评分通过对三种不同染色体重排事件的加权求和计算得出，这三种重排事件分别是：端粒等位基因失衡（TAI）、大片段迁移（LST）以及长片段杂合性缺失（LOH）。相关计算基于样本中已预先确定的拷贝数变异（CNV）区域，同时也参考样本中的变异频率。
图注：CLC中的HRD评分计算工作流，已经预先设置好，用户微调参数（或不调）即可使用
案例一
基因改变预测鳞状细胞癌的生存期缩短
阴茎鳞状细胞癌（pSCC）是一种少见的恶性肿瘤，死亡率居高不下、患者存在性心理困扰，且预后差异极大。本研究采用包含355个肿瘤相关基因的检测panel，对146例肿瘤样本进行了全面的NGS DNA谱分析，并将其与免疫组化标志物及临床预后数据进行关联分析。
本研究共检测到160种具有潜在治疗意义的基因改变，21.2%的样本存在同源重组修复（HRR）通路相关的基因改变。在NGS数据分析环节，研究人员采用CLC软件实现了全流程分析，并在补充材料中分享了完整的工作流及参数细节。CLC适合医药企业及检测类企业直接使用，点击了解CLC如何满足GxP标准。
HRD的计算基于CNV分析和区域倍性分析，采用dbSNP公共数据库，按照CLC中的NGS工作流进行。总HRD评分≥65的样本判定为同源重组缺陷阳性（即HRD-high）。采用CLC分析了靶向测序数据，用于检测残留的HPV序列。高危型HPV毒株特异性reads＞2的样本判定为HPV阳性（HPV+）。
图注：所有分析样本中检测到的复发基因改变（包含每个样本的HPV、TMB、HRD、CNV状态以及可能致病性或致病性突变数量）
案例二
高级别晚期癌症患者的同源重组缺陷检测验证
约50%的高级别浆液性卵巢癌会表现出HRD特征，即便不存在种系或体细胞BRCA1/2功能缺失突变的情况下亦是如此。因此，使用经验证的HRD诊断检测方法，有助于优化治疗方案，提升治疗效果。
研究人员对两种HRD检测方法进行了技术验证。在数据分析环节，使用CLC的工作流分析了基因组瘢痕检测（即GIS）和变异位点识别。若GIS≥65则判定为同源重组缺陷或“阳性”，反之则判定为同源重组正常（HRP）或“阴性”。
图注：两种HRD检测方法获得的GIS得分之间的相关性
总的来说，CLC凭借标准化工作流、一站式HRD评分计算能力，助力临床与科研精准挖掘数据中的价值，是HRD相关研究的可靠工具。此外，除了计算HRD评分，CLC中还有其他的评分工具，如下图：
图注：CLC中的肿瘤评分工具
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参考文献：
1. Hojný, Jan, et al. "Altered TP53, CDKN2A, ATM, EPHA7, POT1, CHEK1, GRIN2A, and EGFR Predict Shorter Survival in Penile Squamous Cell Carcinoma." Modern Pathology 38.4 (2025): 100689.
2. Nogueira Rodrigues, Angelica, et al. "Homologous recombination deficiency test validation in patients with high-grade advanced ovarian cancer." Frontiers in Molecular Biosciences 12 (2025): 1524594.
