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予路乾行×武汉理工:AI解析hTYR结构,为新型美白原料研发提供新模式

予路乾行×武汉理工:AI解析hTYR结构,为新型美白原料研发提供新模式 予路乾行
2025-10-30
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近日,苏州予路乾行生物科技有限公司(以下简称“予路乾行”)与武汉理工大学联合研究团队的成果《Theoretical studies of arbutin, glutathione, and sea cucumber extracts as inhibitors of tyrosinase》正式发表于国际权威期刊《Scientific Reports》。本研究通过AlphaFold3精准预测人体酪氨酸酶(hTYR)三维结构,结合分子对接与长时程分子动力学(MD)模拟,系统阐明了天然美白成分与hTYR的特异性结合机制,突破原先依赖蘑菇酪氨酸酶(mTYR)研发的技术壁垒,为高效低毒美白抑制剂的设计提供全新科学依据。



行业痛点:mTYR替代模型的结构性缺陷,制约精准研发进程

酪氨酸酶作为melanin合成的关键限速酶,其活性调控是美白护肤的核心靶点。由于直接分离人体酪氨酸酶(hTYR)较为不易且结构不明,业内普遍采用蘑菇酪氨酸酶(mTYR )作为替代模型进行抑制剂筛选。但通过序列比对与结构分析,这一替代存在不可忽视的系统性偏差:


1.序列与结构差异显著:mTYR与hTYR的序列一致性仅为25%,活性口袋周围12Å范围内残基的一致性更是低至11.8%,相似度仅23.5%。hTYR口袋富含酸性氨基酸(D167、D178、D180、D286、E184),呈现亲水特性;而mTYR口袋以疏水氨基酸为主(F89、F263、M256 等),且双铜活性中心暴露于口袋表面,与hTYR活性中心深埋于蛋白内部的结构特征截然不同。


2.抑制剂筛选效率低下:结构差异导致抑制剂结合偏好性存在本质区别。例如,传统美白成分曲酸在mTYR模型中表现出强抑制活性,但因与hTYR非预期位点结合引发接触性皮炎,瑞士已禁止其在化妆品中使用;氢醌则因导致褐黄病等严重副作用,被多国限制应用。


3.安全风险难以规避:mTYR与hTYR的关键作用区域不同(mTYR 以C1区域残基N259、E255为核心,hTYR则依赖L2、L3、L4环区域残基),基于mTYR筛选的成分易产生 "脱靶效应",给人体安全性带来极大隐患。

作为生物医药研发领域的先行者,予路乾行联合武汉理工大学启动专项研究,将多尺度分子动力学与AI算法相结合,通过对分子结构的“精准计算”突破这一行业困局。



技术突破:AlphaFold3解析 hTYR 结构,构建精准模型

本研究首次基于AlphaFold3模型深度学习算法预测获得高可信度hTYR三维结构(pLDDT 值多高于 90),选取残基20-452区域构建模拟体系,结合 AMBER22软件开展500ns MD模拟及200ns重复验证,通过RMSD(均方根偏差)、RMSF(均方根波动)及MM/PBSA(分子力学 / 泊松-玻尔兹曼表面积)结合自由能计算,建立了一套精准的hTYR抑制剂筛选评估体系:


1.结构特征精准分析:明确hTYR双铜活性中心由 H161、H183、H192(螯合 CuA)与H344、H348、H371(螯合 CuB)构成,口袋周围L2(176-182 残基)、L3(284-292 残基)、L4(351-356 残基)环区域的柔性构象对抑制剂结合起关键调控作用。通过对比mTYR(PDB:2Y9X)与hTYR的MD轨迹发现,hTYR口袋区域残基波动更稳定(RMSF 值普遍低于 mTYR),尤其在200-400 残基区间的构象稳定性差异为抑制剂结合模式分析提供了可靠基础。


2.筛选效率显著提升:该体系可在原子水平捕捉抑制剂与hTYR的动态结合过程,实现从 "经验筛选" 到 "理性设计" 的转变,大幅降低研发成本与试错风险。



机制革新:三种天然成分的特异性结合模式,揭示美白新路径

基于精准的人体酪氨酸酶模型,研究团队选取熊果素(β-熊果苷)、谷胱甘肽(GSH)、海参肽(CME)三种代表性天然成分,系统解析其与 hTYR 的结合机制,发现两类截然不同的高效抑制路径,为抑制剂设计提供明确的技术方向:


01

路径一|小分子成分的铜离子螯合机制

1.熊果素:通过两种稳定结合构象发挥作用 —— 构象Arbutin_c中,羟苯基与CuB螯合,吡喃葡萄糖基与H161、S165形成氢键;构象Arbutin_d通过醚基与CuB相互作用,RMSD长期稳定在1.4Å以下,展现出优异的结合稳定性。

2.谷胱甘肽:凭借γ-酰胺键的结构柔性,其构象 GSH_c可深入hTYR活性中心,甘氨酸残基的羧基氧分别与CuA(2.66Å)、CuB(2.82Å)螯合,同时谷氨酸残基与S165、D180形成稳定氢键网络,通过破坏双铜中心催化活性抑制酶功能。


02

路径二|大分子肽类的口袋封闭机制

海参肽(CME)的最优结合构象CME_d展现出独特的抑制模式:其半胱氨酸残基与D180、E184形成稳定氢键,甲硫氨酸残基与N345相互作用,C端残基通过氢键锁定R289,形成广泛的氢键网络,从而稳定L2、L3、L4环区域构象,有效封闭hTYR口袋入口,阻止底物酪氨酸进入活性中心。这种非直接攻击活性中心的模式,显著提升了抑制剂的靶点特异性与安全性,为肽类美白成分研发提供了全新思路。



行业价值:引领美白研发从 "替代模型" 迈向 "人体精准靶向"

予路乾行为行业提供了一套全新的研发逻辑 —— 通过独创的“分子电影”模拟及AI数据库平台对分子运动和分子结构进行解析,构建高精度分子模型,企业能在产品开发初期快速筛选高潜力候选成分,降低试错成本和人体临床试验风险,同时通过核心技术赋能临床策略的优化,推动行业从“经验驱动”转向“科学驱动”。



关于武汉理工大学

武汉理工大学是教育部直属“双一流”、“211工程”全国重点大学。学校生物、化学学科分别进入ESI全球前6‰、0.36‰,构建了覆盖生物医学工程、药学等领域的完整学科体系,建有神经退行性疾病纳米医药湖北省重点实验室等多个省部级平台,研发的生物陶瓷人工骨、可吸收接骨螺钉等4款国家Ⅲ 类医疗器械临床惠及超50万人,自适应神经移植物、磁驱溶栓纳米机器人等成果发表于《Science Advances》《Nature》子刊等顶刊,获授权国内外发明专利20余项,通过学科交叉与国际合作,在材料科学、生物科研、AI+医药等领域持续突破,为人类健康与可持续发展提供创新解决方案。


关于予路乾行

苏州予路乾行生物科技有限公司(Divamics Inc.)打造了独特的多尺度分子动力学模拟平台与创新药早研决策AI平台,旨在更精准理解药物分子与靶点的动态相互作用和作用机制,理性设计药物,预测药效和成药性,突破传统药物发现瓶颈,为小分子、多肽、大分子等多种类型的药物研发提供Hits-to-PCC一体化研发平台。

公司获评苏州市工业园区科技领军人才项目、苏州市级姑苏领军人才项目、国家高新技术企业,核心技术获得诺贝尔化学奖得主Roald Hoffmann教授推荐。公司总部位于苏州,在北京设有计算中心,在新加坡、日本设有BD合作中心,目前已与超50家国内外生物医药企业合作推进80余条新药研发管线。


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