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Nature同款热图绘制｜多层嵌套注释的代码实现

Angela的外贸日常

2025-10-19

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本节将通过Nature上的一篇新论文，带大家认识一类带有多层嵌套注释、风格稍有特色的热图。论文作者提供了图表对应的数据与代码，但小编在实测后发现——原代码并不能直接复现论文中的图表。于是，小编对代码进行了多处调整与优化，最终实现了高保真复刻，并在部分细节上略有改动。本文仅代表个人理解与实现方式，供大家参考与学习。有需要学习R语言绘图的朋友可关注文末介绍购买小编的R绘图文档。购买前请咨询，零基础不要买。

论文信息

Proteotoxic stress response drives T cell exhaustion and immune evasion

Wang, Y., Ma, A., Song, NJ. et al. Proteotoxic stress response drives T cell exhaustion and immune evasion. Nature (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-09539-1

论文代码

https://zenodo.org/records/16413641，不知道为啥作者即然选择了提供分析代码，但却只给了fig1的代码。

论文原图

常规的热图基本都是使用直角色块来进行填充，但是此图则是通过geom_shape来定义色块的角度使其显得圆润些，不愧是nature论文就是讲究，除此之外此图还设置了双层条带注释，直观明了。

实际运行论文所提供的代码，结果却如下所示

library(readxl)
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(ggforce)

gggplot(df_long, aes(x = Sample, y = Pathway, fill = Score)) +
  geom_shape(
    #  aes(x0 = as.numeric(Sample), y0 = as.numeric(Pathway)),
    radius = unit(0.2, "cm"),
    expand = unit(0.32, "cm")
    # corner = 0.25,
    # shape = 1L
  ) +
  scale_fill_gradient2(low = "#69AADB", mid = "white", high = "#D45590", midpoint = 0) +
  theme_minimal(base_size = 10) +
  theme(
    axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1, vjust = 0.5),
    axis.text.y = element_text(size = 10),
    axis.title = element_blank(),
    panel.grid = element_blank()
  )

跟原图比较可以发现主要是顶部的注释条带没有添加，那由此推测这部分内容可能是非代码生成后期添加的。但是若要通过代码来实现此部分内容那也是可以实现的，之前小编已经通过多篇文章介绍过legendry包添加注释条带的方法，但是此图与之前的案例稍微有所不同，该图是嵌套式注释条带，因此还是需要稍微修改一番代码的。下面是小编根据原图调整代码后生成的图，可以看到已经非常接近原图了。