早期东南亚各地普遍接受了来自印度的婆罗门教、佛教，包括中南半岛和马来群岛。一直到公元13世纪前，在马来群岛，婆罗门教、佛教都是当地的主要信仰。8-13世纪成为南海贸易枢纽的室利佛逝（又称三佛齐，首都位于苏门答腊岛南部的巨港）一度是东南亚的佛教中心，一些中国人也来到当地学习佛法。14世纪，信仰印度教的满者伯夷灭掉信仰佛教的室利佛逝，上演了与印度类似的宗教变化，室利佛逝王室逃到马来半岛的马六甲，建立马六甲王朝。
随着东西方海洋贸易的兴起，中南半岛、马来群岛由于自然环境、地缘政治上的差异，在国家政治结构、文化方面出现了明显的不同，宗教作为重要的意识形态和国家建构的工具，也在两大地理单元出现了分化。
中南半岛各国往往发源于较为封闭的河谷或半封闭的三角洲，受到地形制约，那些位于较大河谷或三角洲的大城市能够有效控制河谷或三角洲之中的大小城市和村镇，并将自身势力范围稳定扩大到整个流域，当代中南半岛的国家中，缅甸、泰国、柬埔寨均依托一个完整的流域体系建立起民族国家：伊洛瓦底江、湄南河、洞里萨湖。这种权力结构下，王权能够较有利地施展权力，形成以自身所在城市为核心的权力体系，即曼荼罗结构。当上座部佛教传入中南半岛后，王权与僧侣相互结合扩张权力，各自的中央集权国家加速形成，并推动民族建构。
但是在马来群岛，上座部佛教传入中南半岛的同时，海洋贸易已经成为亚洲最重要的贸易形式，各岛屿被纳入到覆盖整个亚非沿海的贸易网络。受制于岛屿面积有限，缺少中南半岛上的大面积河谷和三角洲，那些港口城市所能直接辐射的腹地面积狭小，加上岛上河流短小急促，航行困难，也很难沿着河流向上下游扩张。
对于各岛屿上的港口城市，依赖海洋航线所串联起来的贸易网络，成为这张网络中的节点，并影响其他节点才是扩展势力的优选。这种地理形态如同中东沙漠之中的一个个绿洲，来自中东而非印度的宗教体系也更适应这样的环境。无论是室利佛逝，还是满者伯夷，都通过海洋将势力范围覆盖到群岛内的沿海各港口，但是相比于中南半岛，这些海洋国家的统治相对松散，中心城市对其他城市多是名义上的宗主。
7-13世纪，穆斯林商人主宰了印度洋贸易，当来自阿拉伯、波斯、古吉拉特的穆斯林商人来到马来群岛后，这些依赖贸易的港口节点也迅速接受了伊斯兰教，并加入了当时的穆斯林商业网络。
伊斯兰教进入东南亚的前一站，不只是中东，位于今天印度的古吉拉特亦参与进来。古吉拉特本身是印度接受伊斯兰教的前哨，同时也是参与印度洋贸易的重要枢纽。13世纪，伊斯兰教从古吉拉特传入苏门答腊岛的北部，这一带后来成为伊斯兰教在东南亚的传播中心，并且一直都是东南亚对伊斯兰教最虔诚的地区。
15世纪时，室利佛逝的后裔，马六甲王朝的王室接受了伊斯兰教，成为马六甲苏丹国，继续扮演着辉煌的贸易中心角色，同时也成为伊斯兰教在东南亚传播的中心。到了16世纪，一批苏丹国已经在马来半岛、苏门答腊岛、爪哇岛、苏拉威西岛、加里曼丹岛、棉兰老岛、苏禄群岛、马鲁古群岛等地建立，伊斯兰教在马来群岛大部分地区取得了统治地位。
16世纪后，随着葡萄牙、 西班牙、荷兰、法国、英国等国在东南亚开启殖民活动，基督宗教传入当地。其中，菲律宾、马鲁古群岛南部、东帝汶远离伊斯兰教、佛教文化圈，加之这些地方在遇到西方殖民者时尚未出现具有高度组织性的国家形态，也没有大规模接受伊斯兰教、佛教等较为成熟的宗教体系，在西方殖民者数百年的统治中接受了各类基督宗教。
但是在印尼、越南等已经接受了伊斯兰教或其他信仰体系的国家，基督教难以完全替代既有的宗教结构，只能形成局部的社群。受殖民者的支持，天主教等基督宗教在一些港口城市形成了一些小规模的社群，在殖民时期扮演了中介的角色。
东南亚的宗教演变总体呈现出明显的渐进性：婆罗门教-佛教的早期传入奠定了东南亚大多数国家的政治和文化底层；上座部佛教在中南半岛通过王权-僧团的结合而崛起；伊斯兰教借助海上贸易网络在马来群岛扩张；欧洲殖民与传教在马来群岛东部几处被殖民较久且未被伊斯兰教或佛教浸润的地区，推动基督教成为主导。这一系列变化更多是互相叠加与融合，并且出现多次反复的过程，而非简单的直接替代，不同时期传入某一国家或民族的宗教，依然能够在其底层文化中找到痕迹。
当前，东南亚增长最快的宗教包括伊斯兰教、新教福音派，其中伊斯兰教在人口绝对数量和出生率上保持优势，预计绝对人口数量和占比还会继续提升。在泰国南部、菲律宾南部、缅甸西部，穆斯林增长较为明显。
相比于伊斯兰教依托自身的高生育率实现规模扩大，新教福音派在向外传播方面增长明显，主要方向包括大城市和山地少数民族。这些群体多属于社会上的边缘人士，其中在城市地区，由于城市化发展较快，新入城的人口数量庞大，基础设施和公共服务难以跟上，同时，新入城者存在一定孤独感。在这个过程中，福音派通过集体活动、媒体和社会服务吸纳新入城的年轻人成为信徒。
在东南亚的高地，新教的传教者在20世纪初就已经通过社会服务在当地广泛传播基督教，甚至帮助一些民族创制了自己的文字，推动民族意识的形成。其中，缅甸的克伦邦、克钦邦、钦邦等高地地区，20世纪初都曾经是基督新教重要的传播地，目前已经是东南亚主要的新教地区。同时，在缅甸、老挝的高地依然有许多人保持万物有灵信仰，近年来开始在周边民族影响下，接受新教作为信仰。此外，在印尼苏门答腊、加里曼丹等地的达雅克人、巴达克人地区，新教福音派同样增长较快。
历史上，东南亚的宗教传播存在上层统治者先吸收、民间继续保留原有宗教、民间再吸收上层统治者的进程，呈现层级式传播现象，包括婆罗门教、佛教、伊斯兰教。20世纪到今天，新教福音派、新兴宗教的出现，形成了传教士主导、民间信仰形成后被官方承认的新传播现象，打破了以往的宗教传播模式，成为东南亚宗教发展的新现象。
总体而言，东南亚各类宗教都有着自己的生存空间，东南亚各民族普遍性格温和，社会层面宗教冲突和矛盾相比于世界上其他地区较少。除了亚齐等个别地区存在教法治理的现象，大多数国家已经实现政教分离。
多元宗教的背后，其实也反映出东南亚的地缘特点，即地处各大宗教文明的边缘地带。东南亚各民族历史上经历过多次宗教演变，在接受相关宗教的同时很大程度上融入了本民族的元素，与宗教的来源地区出现了明显的差异。新兴宗教的快速发展，也反映出东南亚社会对于宗教信仰的宽容心态。
但不能忽视的是，历史上宗教信仰的多次演变是东南亚各民族的普遍现象。从历史来看，宗教演变过程并不是风平浪静，而是伴随着不同教派、世俗与保守的激烈争夺，这种矛盾在东南亚始终没有消失过。与此同时，宗教背后反映的经济、政治矛盾也不会因为东南亚社会普遍的包容性而消失。东南亚各国之间的领土领海争端、地区和社会贫富差距，很容易与宗教矛盾相互叠加，对地区和社会稳定带来隐患。
当前，东南亚地区牵扯到宗教矛盾的冲突包括：
1. 泰国南部三府：也拉府、北大年府和那拉提瓦府，佛教与马来族的穆斯林冲突。当前，针对平民的暴力、袭击仍然偶有发生，不同宗教群体之间的裂痕长期存在，短期内难以完全平息。目前的解决思路是给予当地更大的自治权，同时加强泰南三府与泰国较为发达的中部地区的经济联系。
2. 印度尼西亚西巴布亚：信仰基督教的本地人与来自印尼其他岛屿的穆斯林移民的矛盾。西巴布亚长期存在分离主义、叠加土著与移民在资源、宗教等方面的对立，同时本地人与印尼在当地军队关系也不融洽。2018年后，西巴布亚暴力冲突和强力镇压显著增加。
3. 菲律宾南部的苏禄群岛、棉兰老部分地区：穆斯林与以天主教为主的菲律宾国家之间的矛盾。2014 年，菲律宾政府同意给予当地自治安排，但极端组织仍在沿海与周边岛屿制造绑架、袭击事件。2017年，受外部宗教极端主义影响，菲律宾南部出现大规模叛乱，但在全球主要大国，包括印尼、马来西亚等周边穆斯林为主体的国家支持下，菲政府最终通过战争解决。总体来说，菲律宾南部地区局势在过去十年出现一定的降温，自治制度运行稳定，但贫困仍然是催生暴力的温床。
4. 缅甸北部部分民族，如克钦、钦、克伦等，内部基督教武装与佛教武装之间的矛盾。一些少数民族内部分裂为基督教武装和佛教武装，后者往往受到政府军支持，不同宗教派别之间矛盾较深。
5. 缅甸若开邦，若开人（阿拉干人）与罗兴亚人之间的矛盾。罗兴亚人问题成为西方国家干预缅甸的主要话题工具，若开邦本身与缅中央政府存在矛盾，加剧当地问题复杂性。
6. 印度尼西亚马鲁古群岛，尤其是安汶岛，基督徒与穆斯林的冲突。1999–2002 年间，马鲁古发生大规模宗教屠杀，造成深远创伤。近年总体局势稳定，但历史记忆、资源分配等不可控因素仍会触发局部紧张。
7. 印度尼西亚亚齐，宗教与世俗的矛盾。亚齐是实行伊斯兰教法（Sharia）的地区，历史上存在分离运动，其武装运动从1976年持续到2005年。在印度洋海啸救灾的契机下，亚齐与中央政府签署和平协议，总体局势得到明显改善。但教法与世俗之间的矛盾仍然不可忽视，并可能导致其他地区效仿实行教法治理，威胁印尼国家政教分离的政治原则。
8. 加里曼丹岛基督教达雅克人与伊斯兰教的马都拉人移民，叠加地方资源争夺和宗教矛盾。
9. 苏拉威西岛的基督徒与穆斯林的冲突，1998-2000年规模较大，目前已经降温。
10. 部分大城市里的宗教牵扯的社会对立。快速城市化过程中，相当一部分新入城者缺乏工作机会陷入贫困，宗教成为舆论动员、干预选举、表达政治的重要手段。当前，社交媒体与身份政治的大背景下，宗教话题有条件成为重要的工具，借此开展政治动员并挑拨社会对立。2016年11月，印尼首都雅加达曾出现过以宗教名义，针对当时作为少数信仰和民族的地方执政者的游行示威(Ahok事件），造成不同群体之间的隔阂，甚至在穆斯林内部造成撕裂。
总体而言，东南亚的宗教矛盾，多半与民族矛盾、国家-地方矛盾紧密相连，牵扯到不同民族在资源、生活方式和文化差异，单纯的宗教冲突较为少见。但在高密度的城市内部，不同宗教群体日常频繁接触的场景，成为最易点燃宗教对立和冲突的导火索。
