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【Diamond第二讲】如何获取cif文件?

【Diamond第二讲】如何获取cif文件? 老A讲跨境
2020-05-28
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导读:Diamond系列教程

p. s. 因知识星球有个提问刚好可以用Diamond实现,原定于周六推出的教程提前两天放出。周六则是星球答疑的讲解视频。

【阅读前通知】
由于微信群自由加入上限只有200人,后面的必须要好友邀请入群,而且上传文件不便。所以现在统一迁移到QQ群,群号:
458116509

本讲核心内容:Crystallographic Information File(晶体学信息文件,简称CIF)。cif文件可以说是晶体结构的灵魂,它记录了晶体分子中每个原子的位置排布,以及周期性信息。本讲给大家介绍几种获取cif文件的方法,以及如何自己创建简单的晶体结构。

cif文件的获取方式有很多,如果大家可以登录Google,我觉得这是最方便的一种搜索方式。例如要查找金刚石的cif文件,只需搜索“diamond cif”即可。

这里我列出搜到的前三个结果基本就能说明问题了,分别是:
  • American Mineralogist Crystal Structure Database (AMCSD)

  • Materials Project

  • Crystallography Open Database (COD)

这些都是比较大的晶体数据库,点进去之后都可以直接找到下载cif的地方。


The Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC)也是一个经典的晶体数据库,其发展的CSD到2020年已收录超过100万种结构。


除了大型数据库之外,很多从事晶体研究的人也会整理一些自己搜集的数据文件,外网上有很多例子,中国科学网也可以找到一些,可以参考。其他的诸如各种论坛或交流群也会有人分享,同样不失为一种获取cif文件的渠道。

更多直接的是搜索作者发表的文章,一般都会给出晶体的cif文件或数据库编号。比如我搜索“ZIF-8 Yaghi”,找到他在PNAS上发表的文章,其中就列举了ZIF-1到ZIF-12的CCDC编号。有了这些编号,就可以在CCDC的Access Structures中搜索了。


下面是本讲视频——


本系列视频是完全免费的,如果喜欢的话可以点个“在看”。本期视频到此结束,我们下期再见!

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