之前分享过用 WorkBuddy + Zotero 自动检索、下载论文，以及批量生成精读报告的方法。

WorkBuddy + Zotero + Skill：每天自动筛选最新论文，查重入库并推送中文简读

Workbuddy + Zotero + Skill，全自动生成文献综述和论文精读报告

WorkBuddy + Zotero + Skill  全自动完成文献检索、全文获取与分类整理

但文献越来越多，新的问题也来了：读过的论文怎么长期保存？以后写综述、找研究思路，能不能直接调用以前积累的内容？

这次，我把 WorkBuddy、Zotero 和 Obsidian 连接起来，搭建了一套个人科研知识库。

自动检索论文 → 下载全文 → Zotero 分类管理 → AI 批量精读 → Obsidian 保存笔记 → 跨论文检索与分析。

其中，Zotero 管理原始文献，WorkBuddy 负责执行任务，Obsidian 保存结构化笔记。下面结合实际测试，看看具体怎么实现。

01｜连接 Zotero，准备知识库

首先准备 WorkBuddy、Zotero 和 Obsidian 三个软件。

在 Zotero 中安装 Zotero MCP 插件，开启所需权限，再将 MCP 服务地址配置到 WorkBuddy。

这样，WorkBuddy 就能通过 MCP 读取 Zotero 文献、管理分类，并调用相应工具完成文献入库。

Zotero MCP 插件设置

WorkBuddy 连接 Zotero MCP

接下来，在 Obsidian 中创建一个本地知识库，准备好论文笔记文件夹和 Markdown 模板。

模板主要包含研究问题、研究方法、数据来源、核心发现、研究局限等内容。后续 WorkBuddy 会按统一模板批量生成笔记，不必每篇论文都重新设置要求。

Obsidian 仓库及笔记模板

02｜自动下载论文，导入 Zotero

文献收集继续使用之前测试过的 Zotero Literature Ingest Skill，将文献检索、筛选查重、全文获取和入库核验串成一套流程。

本次选择「医学疾病预测」作为测试方向，重点关注肿瘤预测领域，检索 2022 年至今的 5 篇论文。

在 WorkBuddy 中提出研究要求后，AI 开始检索、筛选文献，并通过 Zotero MCP 完成全文获取和分类管理。

这次测试的 5 篇论文均成功获取了开放可用的 PDF，并保存到 Zotero。

Zotero 中成功保存的 5 篇论文

需要注意，只有实际保存可读取的 PDF，才算全文获取成功。无法下载的文献应单独标注，不能把保存链接当作下载成功。

03｜批量精读，自动生成 Obsidian 笔记

接下来，让 WorkBuddy 打开 Obsidian 知识库所在文件夹，输入：

请处理 Zotero 中「医学疾病预测」分类下的所有论文，按照 templates/paper-template.md 的结构生成精读笔记，并保存到 notes 文件夹。无法确认的信息请明确标注。

WorkBuddy 会读取论文内容，提取研究问题、方法、实验结果、核心结论等信息，并按模板生成独立的 Markdown 文件。

任务完成后，打开 Obsidian，就能看到整理好的论文笔记。

WorkBuddy 批量精读执行结果

Obsidian 结构化论文笔记

相比每次阅读都单独生成报告，这种方式能把笔记持续积累到同一个知识库中。

后续还可安装 Obsidian 的 Dataview 插件，按年份、研究方法、关键词等字段筛选论文。

04｜让 AI 检索已有文献，回答科研问题

论文笔记保存下来，只是第一步。更重要的是：以后遇到新的研究问题，能否能直接利用已经收集和阅读过的文献？

在 Workbuddy 中打开 自己定义的obsidian的工作文件夹“-----”，作为Workbuddy的工作空间

这次继续使用「医学疾病预测」分类，向 WorkBuddy 提问：

不同方法分别解决了癌症诊断、发病风险、复发风险或生存预测中的什么问题？有哪些实验支持，目前还存在哪些不足？

请基于已有论文，按方法类别整理，每个结论标注来源，证据不足时明确说明。

WorkBuddy 根据 Zotero 中已有的论文内容进行分析，按方法和研究目标整理不同研究，而不是简单重复每篇论文的摘要。

WorkBuddy 跨论文分析结果

例如，同样是肿瘤预测，有的研究关注早期诊断，有的分析复发风险，还有的预测患者生存情况。

把不同研究放在一起比较，就更容易理解它们分别解决了什么问题，以及目前还存在哪些不足。

05｜总结

这次测试，把文献收集、批量精读、笔记保存和跨论文分析串联了起来。

Zotero 保存原始文献，Obsidian 积累阅读笔记，WorkBuddy 负责连接两者并执行任务。

以后写综述、准备开题或研究新问题，都可以先检索已有文献和笔记，再决定需要补充哪些材料。AI 生成的笔记、研究结论和引用信息，仍需要核对原文。

这套流程的价值，不只是自动下载和精读论文，更是让读过的文献能够长期保存、方便查找，并在后续科研任务中反复使用。

文中涉及的 Zotero MCP 插件、Skill、Obsidian 笔记模板、完整配置教程及使用提示词，我都整理成了配套资料，方便大家复现。

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