MolVortex是望石智慧推出的全栈式小分子医药早研智能体。作为深入研发决策的AI Scientist，MolVortex完整覆盖从情报分析到合成性评估的小分子药物早期研发全链条，遵循药物发现底层逻辑，复刻科学家思路，打造可追溯、可解释、可复核的白箱科研范式。
本文以CBL-b靶点为例，展示MolVortex如何通过知识产权全景调研评估专利壁垒与机会，进而进行分子骨架设计。核心流程包括：
靶点研发格局调研
活性数据抽取与构效关系分析
MolVortex 2D分子结构生成
生成分子与靶点结合模式分析
靶点研发格局调研
传统专利检索面临文献量大、噪音多、定位难等痛点，人工梳理耗时且易漏检误判。MolVortex针对CBL-b靶点早期评估流程，调度多数据库检索智能体，快速搜索多源公开数据，系统性梳理在研格局，完整呈现公司、管线阶段、适应症、合作信息、专利家族、文献及生物学机制等，并支持文件下载留存。
针对专利PDF研读难点，MolVortex平台可直接解析上传的多篇专利原文，自动提取母核结构与活性信息，批量总结不同企业的专利保护策略并进行溯源对比，高效完成专利布局全景评估。
活性数据抽取与构效关系分析
专利中的结构式常以图片形式存在，导致结构识别、编号与活性关联对齐困难。传统人工整理构效关系（SAR）不仅繁琐、主观性强，且难以转化为标准化的生成约束。MolVortex可从专利和文献中自动提取分子结构、实验条件与活性数据，方便用户查看与定位。
在此基础上，MolVortex对提取的分子活性数据进行构效分析，通过片段切分解析取代基与结构片段变化，挖掘结构-活性内在规律，直接输出SAR分析报告。报告直观展示单一结构变动带来的活性差异，为新化合物设计与结构优化提供支撑。
MolVortex 2D分子结构生成
MolVortex的2D分子生成模块涵盖骨架跃迁、生物电子等排、R基替换、固定片段及指定位点生长五种经典药物设计模式。依托前期SAR结论，平台既可突破原有母核寻找全新化学骨架以规避专利，也可在保留核心药效片段前提下精细化改造取代基团。单批可生成100个有效分子，兼顾结构多样性与合理性。
生成分子与靶点结合模式分析
针对批量生成的候选分子，MolVortex能直接对接靶点蛋白口袋，自动预测最优结合构象、计算结合打分，并解析氢键、疏水、π堆积等关键相互作用。研发人员可据此直观验证分子与口袋空间及药效特征的匹配度，为后续改造与合成排序提供结构依据，打通从生成到验证的闭环。
把繁琐交给MolVortex，
将科学创新还给科学家
MolVortex已正式面向药物研发与计算化学团队开放，提供覆盖靶点调研、口袋分析、分子生成与动力学评估的全栈式工作流。平台内部数据打通，调研成果持续复用，告别多工具间繁琐的文件搬运。