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Stereo-seq 作为一种高分辨率空间转录组技术，具有高灵敏度、超高分辨率、物种覆盖广等优势！之前在《Science轻松发？最新时空组学案例文章分享》、《Nature不断！最新时空组学高分案例文章分享》、《2026最新时空转录组高分案例文章分享》等文章已分享过很多案例文章！
接下来，继续为大家分享 5 篇最近发表的 Stereo-seq 高分文章供大家参考，发表期刊有Cell（IF=45.1）、Nature Genetics（IF=25.5）、Nature Communications（IF=18.1）等，欢迎有相关意向的老师留言咨询。
驻留组织巨噬细胞转移硒转运蛋白以保护胰腺癌免于铁死亡
技术策略：Stereo-seq，scRNA-seq等
DOI：10.1016/j.cell.2026.09.001
胰腺导管腺癌（PDAC）是一种侵袭性强、预后极差的恶性肿瘤，其微环境中既存在肿瘤发生前即已定居的组织驻留巨噬细胞（RTMs），也存在肿瘤发展过程中被招募的单核细胞来源巨噬细胞，但二者在支持肿瘤进展中的不同作用仍不清楚。本研究整合单细胞图谱分析、空间分析、谱系追踪、RTM 清除与硒示踪等技术，发现RTMs优先定位于肿瘤边界，并在该处促进上皮-间质转化（EMT）、肿瘤生长与转移。
机制层面，RTMs 将硒转运蛋白 Selenop 转移至 EMT 高（EMT hi）肿瘤细胞，后者经Lrp8 依赖的方式摄取，从而提高肿瘤细胞内的硒可利用性、限制脂质过氧化，使 EMT hi肿瘤细胞免于铁死亡。RTM 特异性敲除 Selenop，或破坏肿瘤细胞的Lrp8，均可降低 EMT 并抑制肿瘤进展；而抑制铁死亡则可逆转 RTM 清除所带来的效应。
图1. RTM 来源的 SEPP1 与人类患者中 EMT 介导的肿瘤进展相关
在人 PDAC 样本中，同样可见肿瘤边界富集 SEPP1⁺ RTMs，且邻近 EMT hi 肿瘤细胞，提示这一巨噬细胞来源的硒微环境在物种间保守，为靶向 RTMs 或其分泌因子治疗 PDAC 提供了潜在方向。
人与小鼠肾上腺具有物种特异性的类固醇生成状态与组织更新特征
技术策略：Stereo-seq，scRNA-seq，Visium HD等
DOI：10.1038/s41588-026-02737-1
成人肾上腺皮质处于持续更新状态，但其背后的人类特异性机制仍知之甚少。本研究构建了成人人与小鼠肾上腺的单细胞与空间转录组图谱，并借助单细胞分辨率的空间数据以及一例罕见的克隆嵌合体病例进行谱系推断。
在人类样本中，研究鉴定出一类与年龄相关的球状带（ZG）细胞状态，其具备直接合成皮质醇的能力；同时发现两性在推断的胆固醇平衡上存在差异。研究还揭示了人特异的 WT1⁻被膜细胞向 ZG 的转变，以及血管平滑肌细胞向类固醇生成细胞的转变，二者均获得嵌合体谱系证据的支持；此外，增殖性的 SF1⁺EZH2⁺ 皮质细胞散布于人的整个皮质，与小鼠中增殖细胞仅局限于 ZG 的情形形成对照。
跨物种比较显示，产生醛固酮的 ZG 在人与小鼠间保守，但束状带（ZF）标志基因明显分化，小鼠缺乏网状带（ZR）的同源结构，增殖细胞中的 SHH–WNT4 信号亦存在差异。上述数据拓展了向心性更新模型，并为人类肾上腺皮质生物学建立了比较研究框架。
技术策略：Stereo-seq，scRNA-seq，snATAC-seq等
DOI：10.1038/s41588-026-02748-y
人类遗传多样性造就了极为丰富的面部形态，而颅面畸形也是最常见的出生缺陷之一，但介导基因组影响面部变异的细胞机制仍难以阐明。本研究构建了覆盖胚胎第 6–11 周的多模态面部图谱，在单细胞分辨率上同时提供单细胞转录组、染色质可及性与空间转录组数据，系统刻画了 56 种细胞状态，并在时空维度绘制了间充质亚型及其基因—增强子顺式调控图谱。
研究发现，基因表达与面部特征的关联在早期间充质祖细胞中最为显著，随后逐渐趋于区域局限。自相关分析鉴定出一批界定间充质空间邻域的图式形成基因，可解释其邻近变异与特定面部特征的对应关系；同时，多个关键病理相关基因的增强子可能是现代人群面部变异产生的重要载体，其中一个与 PAX1 表达相关的增强子对小鼠正常骨骼发育具有重要作用。
结合全基因组关联研究所推断的面部效应、细胞信号互作分析以及小鼠验证，研究进一步揭示外周神经在胚胎发育过程中精细调控上颌骨形态。总体而言，该工作为理解人类表型个体性的形成机制提供了新见解，并产出一份可用于研究颅面发育与畸形的多模态图谱。
空间多组学揭示雄性帕金森病小鼠模型中疾病相关少突胶质细胞与代谢失调
发表期刊：Nature Communications
技术策略：Stereo-seq，snRNA-seq等
DOI：10.1038/s41467-026-78051-5
帕金森病（PD）以进行性的 α-突触核蛋白病理为特征，但这一病理如何重塑脑内的空间免疫代谢格局、少突胶质细胞又如何参与其中，目前仍未完全阐明。本研究在雄性 A53T α-突触核蛋白转基因小鼠的不同疾病阶段，联合应用单核RNA测序、空间转录组与空间代谢组技术，并结合腺相关病毒介导α-突触核蛋白过表达的雄性小鼠以及人类中脑、脑脊液样本，对上述问题进行了系统解析。
研究鉴定出一群以 Il33 和 Kirrel3 高表达为标志的疾病相关少突胶质细胞谱系，该谱系在两种小鼠模型中均随病理进展而扩增。白细胞介素33在少突胶质细胞中上调，其受体 ST2 则表达于小胶质细胞；对少突胶质细胞Il33进行双向调控，可改变小胶质细胞 ST2 的激活状态、不溶性 α-突触核蛋白负荷以及运动表现。
图4. 空间转录组揭示A53T小鼠脑中富集的少突胶质生成特征
在黑质与腹侧被盖区，转录组与代谢组的变化共同汇聚于脂质和谷氨酸相关通路；上述两种蛋白在人类帕金森病的中脑与脑脊液中同样升高。该研究提示少突胶质细胞 IL-33–ST2 信号轴参与 PD 进程，并为相关研究提供了一份具有空间分辨率的资源。
技术策略：Stereo-seq，scRNA-seq等
年龄相关味觉功能障碍会影响营养摄入与生活质量，并促进老年人的代谢紊乱与衰弱，但其细胞与分子基础仍不清楚。本研究整合单细胞RNA测序与空间转录组测序，系统绘制了小鼠味蕾从新生到老龄五个发育阶段的衰老图谱。
结果显示，年龄相关味觉损伤主要由干/祖细胞分化能力的进行性耗竭所驱动，这一特征在后舌区域尤为明显，并由炎症性衰老（inflamm-aging）反应与微环境改变所介导。研究进一步发现，老龄小鼠的轮廓乳头和叶状乳头中出现巨噬细胞浸润与极化状态转变，凸显巨噬细胞在味觉衰退中的关键作用；味蕾类器官与极化巨噬细胞条件培养基的共培养实验表明，M1 型巨噬细胞可抑制类器官的增殖与分化。
机制上，这种抑制作用可能由巨噬细胞来源的 Thbs1 介导，重组Thbs1蛋白处理可在体外直接抑制味觉祖细胞的扩增。综上，本研究首次构建味蕾衰老的时空图谱，并为年龄相关味觉障碍的治疗提供了新的候选靶点。
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