我司与一设备供应商签订了一份设备采购合同，设备金额为400万元（含税）。按照合同约定付款方式为：
（1）合同签订后付30%预付款
（2）预验收、发货付20%款
（3）试运行合格报告支付25%款
（4）最终验收合格取得相关验收证明，支付剩余25%款项并开具100%发票。
目前我司已付50%的款项，设备已经到我司，但是业务部门反馈，设备达不到终验收标准，不予验收。按照合同约定，正常情况下是到第四阶段，验收合格后对方开具100%发票，但是乙方现在已经提前开出100%发票。
问：第一个问题，因为设备没有达到最终验收标准，我司仅仅接受付款50%的发票，另外的50%发票退给乙方可否？——如果全额退回发票，不接受50%的发票，会有已经支付款项，乙方不给开具发票的风险。这样一来，由于付款比例为50%，故数量为 0.5台，但是，实际上我司已经收到整套设备，0.5台与实际情况不符。
第二个问题，该业务合同是2018年签订，当时销售货物的增值税税率是16%，但是实际发货是2019年9月，应该按13%开具增值税专用发票，税率降低，对方增值税缴纳少了，相应的差额应该退回我司，如果经协商，退一部分款给我司，但发票已经按原价开给我司，这样会造成发票金额与实际支付价款不符，应当如何处理？
答：
问题一，首先，发票不是主要问题，主要问题是，双方就不设备无法正常通过验收要拿出处理意见并达成一致，因为这是开具发票的基础。目前，双方对设备验收有争议，争议协商的结果，无非有三种。第一种，退货。退货则对方退款，并且开具红字发票，相当于购进业务归零，如果对方有赔偿，则贵司记入营业外收入，无须开票，不交增值税；第二种，如果对方承认有问题，但不愿退货，愿意给销售折让，则折让部分开具红字发票，贵司冲设备成本及进项税额；第三种，如不退货，也不赔偿，并且通过诉讼也没有支持贵司主张，则按正常购进处理，已经开具的发票无须退回。
建议还是协商对设备验收争议的处理，然后再根据协商结果去付款和开具发票。
问题二，问题所提到的业务，签订合同到实际发出货物，正好跨税率调整时间点，税率变化后会影响履约价格，由于影响到双方利益，因此，就税率调整后履约义务的平衡，双方应协商确定。理论上，如果纳税义务发生在2019年4月1日后，但合同签订在2019年4月1日前，则销售方也只能适用13%的税率，这样做，可能销售方沾光了，但这本来就是国家降低税率的目的，如果采购方心理不平衡，只能与销售方协商，比如降低销售价格等。如果协商一致决定降低销售价格，则可红字冲销以前开具的发票，然后重新按新协议开具发票并进行更正申报。或者，销售方退回价款部分按销售折让、开具红字发票进行处理。